日本政府のスパイ組織、内閣情報室秘密諜報部部長の霧山誠一（寺島進）がひとりの囚人と面会する。囚人の名は鎧井京介（長瀬智也）。１３件の詐欺事件で逮捕され、被害総額は一億円を超えるこの男は懲役３０年の判決を受けたばかり。特技は瞬時にしてどんな人物にもなりきれること。相手の情に忍び込み、カネを奪い取るカメレオンのようにいくつもの顔を持つ。霧山は京介に取引を持ちかけ、吉澤総一郎内閣総理大臣（渡哲也）と面会させる。京介は吉澤総理から、罪状の数と同じ１３のテロ計画をスパイとなって阻止すれば本当の自由を与えると言われる。
住処としてホテルのスイートを用意したと言われ、行ってみるとそこは東京・深川の古びた定食屋。その一室で平原源一（高田純次）・泉（伊藤かずえ）の店主夫妻と娘で三流夕刊紙の記者、三九（杏）と同居することに。
next ボロ家なのに完全な監視下に置かれた京介は、家に着いて間も無く、ミッションだと呼び出された。
指定された霞ヶ関の雑居ビルの中に行ってみると、ある一室の中のロッカーに入るように言われる。実はそのロッカーは地下へと続く秘密のエレベーター。到着した先は内閣情報室直属秘密諜報部の作戦センター。最新のコンピュータと優れた知性を持つスタッフの集合体。京介が到着すると、ボスの霧山、美女のドロシー（深田恭子）、元自衛隊員の来栖健一（世界のナベアツ）、ハッカーのオサム（藤原一裕）、秘書のジョセフィーヌ（KIKI）が集まっていた。霧山はテロリストのドン、ミスター匠（柄本明）が動き出したと話す。
そのころ、ミスター匠はアジトにテロリストのボマーＫ（手塚とおる）を呼び、吉澤内閣総理大臣がターゲットだと言い渡す。
一方秘密諜報部も総理が狙われていることに気づいている。武器開発室で担当のエリス（友近）から毒矢と水が出る携帯電話型の武器を渡され、諜報部員たちはテロリストのねらいを調査するため散っていくのであった。
京介はドロシーと組むことになった。ドロシーは優秀なスパイで、男勝りの勝ち気な女。変装の名人で、新聞記者に扮し、京介と議員会館に赴く。まずドロシーが吉澤総理と懇意の議員に近づくが相手にされない。それを見ていた京介は、首にしていたアクセサリーを握ると詐欺師のスイッチを入れた。記者を演じて、相手の弱点をつき、総理の近況を聞きだす。
next そのあまりの変貌ぶりに驚き、恐れすら感じるドロシー。京介は議員から、吉澤総理の孫娘が修学旅行で東京に来ることを聞き出すことに成功した。到着は明日で、２泊３日だ。
その夜、収集した情報から、ミスター匠の狙いは吉澤総理の孫娘、亜美（井上真央）に違いないことが分かる。世界的に有名な爆弾魔のテロリスト、ボマーＫが入国したとの情報も入った。修学旅行のコースには国会見学があり、孫娘もろとも首相も狙われるかもしれない。
京介とドロシーは添乗員とバスガイドに扮して修学旅行に潜入、テロを阻止すべく戦いを挑むが、亜美はテロ以外にも問題を抱えていた…
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