佳音（堀北真希）は、ピアノを弾きながら聖花（内田有紀）と寄り添いあう殉也（北川悠仁）の姿を偶然見てしまい、大きなショックを受けていた。あくる日、掃除をするために殉也の家を訪れた佳音は、その気持ちを隠して精一杯明るく振舞い、出かける殉也を笑顔で送り出す。
掃除を始めた佳音は、やってはいけないことだと知りながら殉也のアルバムを開いた。そこにあった殉也と聖花の写真を見た佳音は、家族を亡くした殉也が笑顔を取り戻したのは聖花の存在があったからだと確信する。
殉也は、改めて聖花の精密検査をしてもらう。近ごろ聖花のようすが変わってきたような気がしてならなかったのだ。殉也は、主治医の東野（中原丈雄）に検査を依頼した。だが、東野の診断結果は、変化なし、というものだった。殉也が感じたという表情の変化も、無意識の反射だというのだ。
子ども聖歌隊の練習で教会を訪れた殉也は、美月（香椎由宇）から、義道神父（内藤剛志）と一緒に食事をしようと誘われる。その席で義道神父は、作曲の仕事はもう止めたのか、と殉也に尋ねた。義道神父は、教会や日曜学校のために奉仕してくれる殉也に感謝しながらも、彼の将来をずっと心配していた。
一方、殉也の家を掃除していた佳音は、開けてはいけないといわれていた部屋から聞こえてくる物音に気づく。気になってドアの前まで歩み寄り、ドアノブに手をかけようとする佳音。するとそこに、殉也が戻ってきた。佳音は、遅くまで掃除をしていたことに驚く殉也に、細かいところが気になった、などと言い訳すると、目を合わせないようにして家を出た。残された殉也は、佳音が聖花の部屋の前に立っていたことが気になり、部屋の鍵を開けた。そこで殉也が目にしたのは、チューブ類を外された状態になっている聖花の姿だった。殉也は、慌ててチューブ類を元通りに直した。
あくる日、殉也は、昴（成宮寛貴）に会い、聖花のチューブが外されていた件を報告する。殉也は、佳音があの部屋の鍵を持っていないことから、聖花が自らチューブ類を外した可能性もあるではないか、と昴に話す。そもそも殉也は、何故聖花が、結婚式前夜に大量の薬を飲んだのか、ずっと疑問に思っていた。聖花は、自殺しようとしたのではないか、と…。
同じころ、佳音は、兄・耀司（福士誠治）の就職先を探して、とある自動車修理工場を訪れていた。佳音は、経営者の野久保（春海四方）に、耀司が少年刑務所に入っていることも打ち明けて必死に頼み込み、何とか採用を取り付ける。だが、あくる日になって野久保から電話があり、採用の件はなかったことにしてほしい、と言われてしまう。野久保の妻が反対したのだという。佳音は、保護司の松下（浅野和之）にも相談し、実家の土地を売るなどして耀司が出所してからの生活費を工面することにする。
別の日、佳音は、いつものように殉也の家に掃除をしにいく。殉也は、そんな佳音に金の入った封筒を手渡すと、掃除は自分でやることにした、と告げる。佳音は、殉也にも素性を知られてしまったと思い、悲しみを堪えながらアパートに戻った。そこに、雑誌記者の池田（豊原功補）が現れた。池田は、佳音に、耀司のことや事件があった夜のことを尋ねた。が、記憶を辿っていくうちに、得体の知れない恐怖心を感じ、呼吸が荒くなっていく佳音。しかし彼女は、肝心な部分は思い出せなかった。
耀司に面会した佳音は、事件前後の記憶が曖昧であることを打ち明けた。佳音が池田に会ったことを察した耀司は、アイツにはもう会うな、と釘を刺すと、話を変えようとして、佳音が思いを寄せているという相手のことを切り出した。その恋がもうダメになったことを耀司に伝えた佳音は、感情の昂ぶりに任せて、耀司を非難した。「全部お兄ちゃんが悪いんだよ！お兄ちゃんのせいで、私は何をやっても…」。その言葉にショックを受けている耀司の姿を見て我に返った佳音は、いまのは嘘だから、と謝ってその場を取り繕った。
殉也は、福島にある教会までパイプオルガンの修理に出かける。美月も、殉也について行くことになっていた。殉也は、聖花のことを昴に頼むと、高速バスのターミナルへと向った。
ひと目でもいいから殉也の姿を見たいと思い、彼の家を訪れた佳音は、玄関先で昴と医師の東野が話しているのを目撃する。殉也が病気でもしたのかと心配になり、思わず家の中を覗いてしまう佳音。しかし、ガラス越しに見えたのは、昴の姿だけだった。
しばらく殉也の家の前にいた佳音は、昴が青ざめた顔で開かずの間から出てくるのを目撃する。同時に、聞こえてくる何かの警報音。気になった佳音は、そっと殉也の家に入り、開かずの間のドアを開けた。そこで佳音が目にしたのは、ベッドに横たわる聖花の姿だった。聖花につながっているチューブが途中で外されていることに気づいた佳音は、それを元に戻し、警報音を発している医療機器のスイッチを入れようとした。するとそこに昴が現れた。「出て行け。何を見なかったことにして消えるんだ」と佳音に命じる昴。それを受け入れなかった佳音は、再びスイッチを入れ直そうとして、昴ともみ合いになった。と、そのとき、殉也がやってきた。殉也は、携帯電話で見ることができるモニター画像が切られていることに気づき、慌てて戻ってきたのだ。
殉也から不信の目を向けられた佳音は、家を飛び出した。昴は、その後を追おうとした殉也を制し、やったのは自分だと告白した。
殉也は、佳音を追いかけ、疑ったことを謝ると、聖花のことを話し始めた。聖花が婚約者であること、結婚式の日に事故にあったこと、そして、医者が見放してもいつか目を覚ますのではないかという希望を持って教会で祈っていることを。聖花なしに自分の人生はあり得ない――佳音は、そう言ってうなだれる殉也の手をとると、「私、祈ります。あなたに幸せになってほしいから…いつかあの人の目が覚めるように、私も祈ります」と告げ…。
佳音は、再び殉也の家の清掃の仕事をするようになった。開かずの間だった聖花の部屋のドアは、開かれるようになっていた。佳音が駅の清掃をしていることを知った殉也は、自分がピアノを弾くアルバイトをしているレストランでウエイトレスを募集していることを彼女に告げた。
そんな折、耀司の仮釈放が決まる。松下のおかげで、仮釈放後は鉄工所で働くことも決まっていた。佳音は、はやる気持ちを抑えて、耀司を迎えに行った。
佳音とともに駅のホームで電車を待っていた耀司は、トイレに行くといって彼女から離れた。公衆電話から池田の携帯電話に電話した耀司は、これ以上佳音に近付くな、と警告した。
耀司と一緒にアパートに戻った佳音は、夕食の準備に取り掛かった。その際、部屋の壁に貼られた佳音と殉也の写真に気づく耀司。それを見つめていた耀司は、部屋にあった教会のしおりに気づいた。
耀司は、散歩をしてくる、といって部屋を出ると、教会へと向った。教会では殉也の弾くオルガンに合わせて、子どもたちが聖歌を歌っていた。耀司は、そんな殉也の姿を見つめ…。
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