停職期間が明け、1週間ぶりに科捜研に復帰した榊マリコ(沢口靖子)は、元鑑識課長・藤倉甚一(金田明夫)の刑事部長就任あいさつに出席した。
かねてから「科捜研や鑑識は捜査の道具にすぎない」と主張してきた藤倉は、「刑事部捜査課による情報の一元化を徹底する」と訓示。「捜査員は捜査情報を鑑識課員や科捜研に伝えてはならない」「科捜研の鑑定結果は常に公式文書の形で刑事部長に報告しろ」と命令、マリコを睨みつける。
そんなとき、雑居ビル下で男性の不審死体が見つかった。京都府庁職員の山際嗣治(大久保ともゆき)で、遺体は隣のビルとの間の幅2メートル程の狭い空間で見つかった。マリコたち科捜研が調べたところ、ビル屋上に靴底で擦った跡があり、死因は転落死と判明。だが、転落場所の狭さから、転落シミュレーションでの分析が機能せず、自分から飛び降りたのか、誰かに突き落とされたのかわからなかった。
マリコは「自殺か、事故か、他殺か、確定しない報告など考えられない」と主張するが、日野は「この鑑定結果をありのまま、刑事部長に報告するしかない」と判断する。
納得いかないマリコは「転落の様子を再現する“検証実験”をやらせて下さい」と藤倉に直訴するが、藤倉は自殺かどうか判断するのは刑事部の領分だといって認めない。
そんな中、京都府警広報課員・江崎和帆(佐藤康恵)が科捜研を訪ねて来て、山際が死の1週間前の夜、スピード違反を起こしていた事実をマリコたちに明かす。
一方、捜査一課刑事の土門薫(内藤剛志)も、山際の速度超過違反の事実をつかみ、山際の上司・飯塚忠則(春海四方)とその妻・遥子(宮内知美)に事情聴取する…。
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス!鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「20年目の罠!誘拐された真犯人!!爆死まで5秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所!科捜研vsサイバー犯罪疑惑の合成写真!!」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人!破門された男vs恋人を捨てた女!!連続殺人を結ぶ雲母の秘密!」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定!法医学vs化学!!空白の15分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女!妻vs愛人、復讐殺人の罠!!殺された男が仕組んだ事故!?」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト!獄中の鑑定対決マリコVS殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者!放火犯を擁護する男の罠25年目の真実!壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故!奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠!!冤罪を生んだ鑑定ミス!?父親に尋問されるマリコ!辞職を要求する元管理官」
第10話 2014年1月23日「襲われた女医!盗まれた解剖遺体!!奪われた二つの臓器の秘密」
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