ジョギング中の皆実（福山雅治）と吾妻（今田美桜）は突然倒れ込んだ男性と遭遇。その後、病院でその男性の死亡が確認される。
外傷はなく事故死と見られていたが、皆実は違和感を覚え、病理検査を依頼し、死因が毒物によるものだと判明。さらに遺体の手には謎の紋章が刻印されていた。
心太朗（大泉洋）の調べで同様の犠牲者が3人いることがわかり、全員に共通していたのが国家規模の事件に絡む要人だということだった。公安・捜査二課とも連携した大掛かりな捜査が始まる。
一方、皆実たちは、被害者の妻に話を聞きにいく。
そんな中、泉（永瀬廉）が、吾妻を事件から外すように皆実にお願いしてくる。その理由は、吾妻がずっと心に傷を抱え続けている過去のある事件によるもので…
第1話 2023年4月23日「最強バディ誕生！FBI×刑事が無差別爆弾魔に挑む」
第2話 2023年4月30日「相棒は連続殺人犯!?12年越しの真実…独白隠し続けた涙の過去」
第3話 2023年5月7日「相棒へ挑戦状！俳優殺人の巧妙トリック」
第5話 2023年5月21日「目撃者は犬!?謎だらけのインフルエンサー殺人の闇…」
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