『武蔵野一家殺人事件』の真相を追う真野（錦戸 亮）は、早川（萩原聖人）とともに食品会社社長の佐保（袴田吉彦）に会いに行った。ところが佐保は、ボイラー室のガス爆発に巻き込まれて死んでしまう。佐保は、不審死を遂げたホームレスの新妻（伊藤高史）と同じく早川の教え子のひとりであり、真野の兄・義一（倉悠貴）をいじめていた主犯格でもあった。
科捜研に戻った真野は、虎丸（船越英一郎）を交え、ノンナ（新木優子）と海塚（小雪）にこれまでの経緯を話す。真野は、『武蔵野一家殺人事件』の証拠品だった軍手に残されていた身元不明のDNA型と、妊娠していた姉・仁美（夏子）の胎児の絨毛のＤＮＡ型を鑑定し、その２つに親子関係が認められることを突き止めていた。
つまり、仁美を妊娠させた相手が、真野の家族を殺した犯人である可能性が高いのだ。そこで真野は、佐保の心臓血のDNA型を調べたが、親子鑑定の結果は不一致だった。
佐保が死亡したボイラー室に臨場した真野は、ガスの元栓部分に付着した手袋の皮革を発見する。その持ち主と思われる人物の皮膚片から採取したDNA型は、『武蔵野一家殺人事件』の軍手のDNA型と一致していた。新妻の事件同様、佐保の事件にも捜査の打ち切り命令が出た中、仁美の交際関係をもう一度洗い直す真野たち。そこで得た証言を基にさらに調べていくと衝撃の名前が浮かび上がる…。
そんな折、科捜研に刑事部長の壇（千原ジュニア）が突然視察に訪れ…。
第1話 2019年1月7日「初回90分SPバラバラ遺体の想い…科捜研サスペンス!!」
第2話 2019年1月14日「15分拡大SP！血染めの折り鶴の秘密DNAに隠された謎」
第3話 2019年1月21日「凶悪犯を逮捕せよ20年越しの真実！」
第4話 2019年1月28日「飛び散った血と涙命を懸けた最後の嘘」
第5話 2019年2月4日「過去の悲しき誘拐毛髪に秘められた愛」
第6話 2019年2月11日「今夜、新章突入！蠢きだす衝撃の過去」
第7話 2019年2月18日「替え玉事故を暴け人気政治家の裏の顔」
第8話 2019年2月25日「幼馴染の悲劇と嘘空白の1時間の謎！」
第9話 2019年3月4日「今夜、最終章開幕忍び寄る過去の悪魔」
第10話 2019年3月11日「遂に最終回目前！隠蔽した巨悪へ復讐」
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