科捜研の真野礼二（錦戸 亮）は、絞殺されたものと思われる9歳の少女・松戸ココ（高松咲希）に関する鑑定を依頼される。
ココは、同級生の三島唯（稲垣来泉）と公園内の山林に基地のようなスペースを作って遊んでいた。夕方、唯は先に帰ったが、ココの母親から娘が帰宅しないとの通報があり、翌朝、ココは遺体となって発見されていた。死因は窒息死だった。また被害者の通う小学校付近では不審者の目撃情報もあったという。ノンナ（新木優子）とともに付着物のDNA鑑定などを行った真野は、被害者に暴行された形跡がないことを確認する。
するとそこに、虎丸（船越英一郎）の先輩でもある刑事・鶴見茂（大地康雄）が現れる。鶴見は、20年前と10年前に起きた連続幼女殺人事件を追っており、今回のケースも犯行手口が酷似していることから情報を求めにきたらしい。実は鶴見たちは、10年前に被疑者として西内智幸（池内万作）をマークしたが、証拠不十分で逮捕出来ずにいた。その西内は、ココも時々訪れていた児童館のボランティア職員だった。
虎丸は、ココの両親・志津香（松本若菜）と直樹（永岡佑）に会いに行く。だが、志津香と直樹は、お互いに責任をなすりつけ、ケンカを始めてしまう。
そんななか、真野たちは証拠を求めて臨場に行く。そこで、木の枝が折れていることに気づいた真野が周辺を調べると、タバコの吸い殻が落ちていた。吸い殻から採取した検体のDNA型は、西内のDNA型と一致し…。
第1話 2019年1月7日「初回90分SPバラバラ遺体の想い…科捜研サスペンス!!」
第2話 2019年1月14日「15分拡大SP！血染めの折り鶴の秘密DNAに隠された謎」
第4話 2019年1月28日「飛び散った血と涙命を懸けた最後の嘘」
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