最終回2時間スペシャル
「糸村、最後の事件!! 特対VS.1000億の発明を狙う爆弾犯! カラフルな魚の鱗に美人科学者の秘密…二重三重の罠で糸村ついに殉職!?」
京都市内のホテルのVIPフロアで爆発が起き、ベンチャー企業の社長・冨樫一規（尾崎右宗）が殺害された。偶然、近くに居合わせた糸村聡（上川隆也）は、爆発音を聞いて現場に急行！ 床に落ちていた、色鮮やかな小さな物体を拾う。
殺された一規は、インターネットで食材流通ビジネスを展開するベンチャー企業の取締役で、農林水産大臣・冨樫由規（大和田伸也）の息子でもあった。事件当日は、現場のホテルで開催されたバイオサイエンス研究の第一人者・酒井裕子准教授（観月ありさ）の受賞パーティーに参加しており、その後、自身が年間契約しているVIPルームに戻ったところで、仕掛けられていた爆弾が爆発したようだ。
裕子の研究は、遺伝子組み換えにより農作物の収穫量を倍増させる画期的なもので、なんと数千億円の価値があるという。一規は資金援助する見返りに、その技術を独占する契約を結んでいたらしい。裕子の上司である学部長・和久井昌平（小松和重）によると、一規からは度々、実用化の催促を受けていたという。それらを知った特対メンバーは、巨額利権がらみの殺人を疑う。
そんな中、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の調べで、現場に落ちていた謎の遺留品が、チョウザメのウロコに油性絵の具で模様を描いたものと判明。糸村はチョウザメを展示している博物館を訪ね、飼育係の高橋尚也（三浦涼介）に話を聞くが、事件当日、彼が仕事を休んでいたことを知り…!?
ところが直後、事件関係者が死を遂げる、新たな事件が発生！ またもや遺留品に興味を抱いた糸村は独自の捜査を進めるが…その矢先、絶体絶命の危機が糸村に襲いかかって――!?
第1話 2018年7月12日「あの風変わりな刑事が帰ってくる!!5億円の仏像を巡る連続殺人疑惑の住職vs謎の鑑定士!?断崖絶壁のカラビナに3分間の涙!」
第2話 2018年7月19日「赤い風鈴〜25年間騙され続けたサギ師」
第3話 2018年7月26日「赤目のカブト虫〜父になれなかった男!?」
第4話 2018年8月2日「修正ペン〜美人歯科医が消した白骨の謎」
第5話 2018年8月16日「花嫁の父の殺人告白捨てた形見の秘密!?」
第6話 2018年8月23日「5億円遺産争い!!お取り寄せの石と疑惑の鬼嫁の正体」
第7話 2018年8月30日「幻の金メダル〜空のお守り袋に母の秘密」
第8話 2018年9月6日「歌う空き缶!?消えた夏休みの宿題と過去からの殺人者」
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