南米のルベルタ共和国の副大統領夫妻が来日。土門（内藤剛志）も日系の妻サトエ・マルケス（かたせ梨乃）を連れた副大統領の警備に駆り出される中、現金輸送車が3人組に襲撃される事件が発生した。臨場したマリコ（沢口靖子）らだったが犯人は事前に警備室に潜入、警備会社の鍋谷亮次（三村晃弘）を脅し、すべてのセキュリティシステムを解除。さらに周辺の防犯カメラを避けるように逃走していた。用意周到で犯行に臨んだようだが、現金輸送車にあった現金は多い時の十分の一ほど。犯人の狙いは金ではなかったのか？
所轄署が拘束した謎の男が呼んでいる、とマリコが呼び出された。現金輸送車襲撃事件について何かを知っているらしいが、マリコの「科学は嘘をつかない」という捜査姿勢をこの目で確かめたいという。指紋も消し、自らを“幽霊”という男はマリコの質問に答えず、これから君が調べろと挑発する。
男のDNA鑑定では前歴者データに一致するものはなかったが、顔写真をDNA捜査が確立する前までさかのぼり照合した結果、40年前に殺害された左翼運動の天才活動家・朽木政一（近藤正臣）であることがわかった。1970年ごろから学生運動のトップに立ち、女性活動家の畑山里江子と結婚。弟の朽木武二も仲間に引き入れ、勢力を拡大していったが、40年前の捜査では殺害犯を弟の武二と断定していた。
が、朽木が生きていることが証明された今、当時見つかった死体は誰だったのか。そして事件から40年たった今、なぜ姿を現したのか？問い詰めるマリコに「大切なものは目に見えない」と『星の王子さま』の一節を引用して煙に巻く朽木。ある犯罪を予告するためにマリコの前に現れたのだという。
土門によると来日中の副大統領暗殺計画の情報を公安課が入手。その暗殺計画を陰で操っている人物として、かつての朽木の部下だった繁森光之（西岡德馬）の名前が浮上していた。繁森は朽木亡き後、武力行使を容認する過激派となり地下に潜っていたという。朽木が事情を知っているらしい現金輸送車襲撃も繁森によるものなのか？朽木に指名されたマリコが現金輸送車襲撃事件、暗殺計画などすべての真相を探るため、朽木の事情聴取を担当する。
しかし、朽木はかたくなにマリコの質問をはぐらかす。それでは、とマリコは朽木の着衣を鑑定。拘束されるまでの足取りを解明し、朽木が現金輸送車を襲撃したグループのアジトにいたことを立証する。そして、そのアジトからは繁森の指紋も！繁森は来日中の副大統領を暗殺するつもりなのか？そして、その計画に朽木も加担しているのか？
マリコは伝説の天才活動家・朽木とまるでゲームのような会話を重ねていき、絡まった紐がほどくようにゆっくりと真実に近づいていくのだが…。
科捜研の女2017スペシャル 2017年10月15日「決死の大追跡!猛毒を運ぶ逃亡犯VS最新鋭ドローン!!ドモンを襲う暴走列車…マリコ、涙の検視!衝撃ラスト」
第1話 2017年10月19日「衝撃スタート!緊縛マリコVS新人研究員の凍死実験!?」
第2話 2017年10月26日「マリコVS刺繍名人!変色する刺繍糸の殺人トリック!?」
第3話 2017年11月2日「折り鶴が見た殺人/マリコの上空200キロ探査!殺人犯が飛ばした折鶴の謎」
第4話 2017年11月9日「マリコの殺人コンサート!?火を放つ指揮棒と小麦の謎」
第5話 2017年11月16日「マリコVS美人科学者 抱きつくと死ぬ男達と内出血の謎」
第6話 2017年11月23日「京都民泊おもてなし殺人!?マリコのお泊りグッズ鑑定」
第7話 2017年11月30日「マリコVS現場保存のできない美人警察官!?衝撃ラスト」
第8話 2017年12月14日「私は誰!?記憶喪失の殺人犯VSマリコの最新脳指紋鑑定」
第9話 2018年1月18日「姿なき狙撃犯VS監禁されたマリコ!脱いだ晴れ着で銃弾鑑定!?」
第10話 2018年1月25日「マリコVSメイク達人 白玉粉が暴く変身美女のウラの顔」
第11話 2018年2月1日「週刊誌スキャンダル殺人!脅迫文の筆跡とバナナの謎」
第12話 2018年2月8日「マリコVS疑惑の検査技師!?消えた心臓と空飛ぶ注射針」
第13話 2018年2月15日「宇宙から来た凶器!?巨大なバラと回転する遺体の謎!!」
第14話 2018年2月22日「幕末から来た殺人犯 マリコVSダンダラ模様の羽織の謎」
第15話 2018年3月1日「マリコVS顔面記憶男 逃亡犯500人を暴く謎のラーメン」
第16話 2018年3月8日「海から来た殺人者!?マリコVS謎の海洋生物 決死の解剖」
第17話 2018年3月15日「200回スペシャル!科捜研、解散の危機!?衝撃ラスト」
科捜研の女 第17シリーズ TOPへ
各話視聴率へ
2017年秋ドラマ（10-12月）TOPへ
2017年秋ドラマ視聴率一覧へ
2018年冬ドラマ（1-3月）TOPへ
2018年冬ドラマ視聴率一覧へ
