「200回スペシャル!科捜研、解散の危機!?衝撃ラスト」
マリコ（沢口靖子）は、ある法医学の鑑定書を手にした芝美紀江監察官（戸田菜穂）の取り調べを受ける。
「私は、あなた方が、犯罪者だと思っています」
美紀江がマリコを取り調べる真意とは…!?
1週間前、人気ラーメン店から火災が発生。倉庫の二階部分が全焼、男性と見られる遺体が発見される。父親の跡を継ぎ店主となった南条輝明（深水元基）によると、遺体は父の代から働いている従業員の河原崎満（宇野嘉高）ではないかという。河原崎は仕込みの後、二階の倉庫で寝てしまうことがたびたびあり、出火の原因も彼の寝タバコと考えているようだ。しかし、土門（内藤剛志）が河原崎の若い妻・河原崎愛（足立梨花）に事情を聞くと、自宅でボヤを発生させてから河原崎は寝タバコはしないと約束していたと強く否定する。
出火の原因が寝タバコなら火災残渣からタバコ、ライターなどが発見されなければならない。その残渣の鑑定をしていた日野所長（斉藤暁）が倒れてしまった。原因は虚血性心疾患。東京から駆けつけた日野の妻・日野恵津子（宮地雅子）は、深夜勤務が続き帰れない、というメッセージアプリによる夫とのやりとりをマリコらに見せる。「仕事に殺されかけたということですよね？」と問いかける恵津子に責任を感じるマリコだが、恵津子はマリコらを責めずにある協力を依頼する。それは…。
火災残渣の鑑定から寝タバコの可能性が低くなる中、防犯カメラの映像で酒に酔った店主の南条が出火時刻に現場近くにいたことがわかった。南条は居酒屋で河原崎への不満を口にしており、火事に見せかけて殺害する動機もある。
恵津子がマリコから入手した日野の勤務記録をもとに、八田功警務部長（升毅）に夫の公災を申請する。あわてた八田は、かねてから検討していた「服務規定の一部改訂」を通達。マリコら科捜研だけでなく、土門や蒲原（石井一彰）までもが規定勤務時間を超えると鑑定や捜査を別の担当者に引き継ぎ、強制的に帰宅させられるという勤務システムが緊急導入されてしまう…。その結果、捜査は意外な方向へと進展していき…？
科捜研の女2017スペシャル 2017年10月15日「決死の大追跡!猛毒を運ぶ逃亡犯VS最新鋭ドローン!!ドモンを襲う暴走列車…マリコ、涙の検視!衝撃ラスト」
第1話 2017年10月19日「衝撃スタート!緊縛マリコVS新人研究員の凍死実験!?」
第2話 2017年10月26日「マリコVS刺繍名人!変色する刺繍糸の殺人トリック!?」
第3話 2017年11月2日「折り鶴が見た殺人/マリコの上空200キロ探査!殺人犯が飛ばした折鶴の謎」
第4話 2017年11月9日「マリコの殺人コンサート!?火を放つ指揮棒と小麦の謎」
第5話 2017年11月16日「マリコVS美人科学者 抱きつくと死ぬ男達と内出血の謎」
第6話 2017年11月23日「京都民泊おもてなし殺人!?マリコのお泊りグッズ鑑定」
第7話 2017年11月30日「マリコVS現場保存のできない美人警察官!?衝撃ラスト」
第8話 2017年12月14日「私は誰!?記憶喪失の殺人犯VSマリコの最新脳指紋鑑定」
第9話 2018年1月18日「姿なき狙撃犯VS監禁されたマリコ!脱いだ晴れ着で銃弾鑑定!?」
第10話 2018年1月25日「マリコVSメイク達人 白玉粉が暴く変身美女のウラの顔」
第11話 2018年2月1日「週刊誌スキャンダル殺人!脅迫文の筆跡とバナナの謎」
第12話 2018年2月8日「マリコVS疑惑の検査技師!?消えた心臓と空飛ぶ注射針」
第13話 2018年2月15日「宇宙から来た凶器!?巨大なバラと回転する遺体の謎!!」
第14話 2018年2月22日「幕末から来た殺人犯 マリコVSダンダラ模様の羽織の謎」
第15話 2018年3月1日「マリコVS顔面記憶男 逃亡犯500人を暴く謎のラーメン」
第16話 2018年3月8日「海から来た殺人者!?マリコVS謎の海洋生物 決死の解剖」
最終話 2018年3月22日「最後の鑑定 マリコVS未来が見える暗殺者⁉︎土門を狙う謎の銃弾‼︎殉職⁉︎最新鋭セキュリティの盲点…衝撃ラスト」
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