ブランド品買い取りチェーンの社長・新庄和子（大林菜穂子）が殺害され、現金が奪われる事件が発生した。偶然近くに居合わせた土門（内藤剛志）と蒲原（石井一彰）が、現場から逃走する男・根岸義雄（津村知与支）を逮捕するが、蒲原は根岸が主張する「金は死体の上にあった、気味悪いくらいキチンと並べられてて…」という言葉にひっかかる。
ある日、蒲原が科捜研に相談にやってきた。根岸の証言は事実で、犯行は別の人間によるもの…しかも連続殺人事件の一つでないかと…。
蒲原によると、被害者が最近頻繁に連絡をとっていた堂上克郎（ドヰタイジ）が１週間前に石段から転落して死亡したという。すでに事故死と結論づけられ堂上の遺体は荼毘に付されていたが、マリコ（沢口靖子）らは遺体の近くに落ちていた折れた竹刀や浅葱色の布など遺留品の鑑定を始める。
竹刀は石段から落ちた時に折れたものではなく、何者かが折ったものと判明。さらに布は新選組の羽織の切れ端であることがわかった。竹刀を折った何者かが犯人の可能性もあるが、なぜ新選組の羽織の切れ端が落ちていたのか？
蒲原が根岸に話を聞くと、和子の遺体のそばにも新選組の羽織の切れ端が落ちていたという…。
堂上と和子がかつて同じ町に住んでおり、ともに再開発計画の反対運動に参加していたことがわかった。その反対運動は、郷土史家の南山将人（伊庭剛）を中心に新選組を研究する会が中心となって行われていたという…。
そのメンバーの一人、弁護士の長久保友光（神尾佑）によると、反対運動は南山の事故死で頓挫したらしい。南山の後妻・南山鈴江（山口香緒里）と、南山の息子・南山勇司（タモト清嵐）によると、父が死んだときも、新選組の羽織の切れ端を握っていたと証言して…!? ３人の死と新選組の羽織が意味するものとは…？
科捜研の女2017スペシャル 2017年10月15日「決死の大追跡!猛毒を運ぶ逃亡犯VS最新鋭ドローン!!ドモンを襲う暴走列車…マリコ、涙の検視!衝撃ラスト」
第1話 2017年10月19日「衝撃スタート!緊縛マリコVS新人研究員の凍死実験!?」
第2話 2017年10月26日「マリコVS刺繍名人!変色する刺繍糸の殺人トリック!?」
第3話 2017年11月2日「折り鶴が見た殺人/マリコの上空200キロ探査!殺人犯が飛ばした折鶴の謎」
第4話 2017年11月9日「マリコの殺人コンサート!?火を放つ指揮棒と小麦の謎」
第5話 2017年11月16日「マリコVS美人科学者 抱きつくと死ぬ男達と内出血の謎」
第6話 2017年11月23日「京都民泊おもてなし殺人!?マリコのお泊りグッズ鑑定」
第7話 2017年11月30日「マリコVS現場保存のできない美人警察官!?衝撃ラスト」
第8話 2017年12月14日「私は誰!?記憶喪失の殺人犯VSマリコの最新脳指紋鑑定」
第9話 2018年1月18日「姿なき狙撃犯VS監禁されたマリコ!脱いだ晴れ着で銃弾鑑定!?」
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第13話 2018年2月15日「宇宙から来た凶器!?巨大なバラと回転する遺体の謎!!」
第15話 2018年3月1日「マリコVS顔面記憶男 逃亡犯500人を暴く謎のラーメン」
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