山中の川原から身元不明の水死体が発見された。死後2日以上経過しており、頭部に傷、索状痕らしきものが認められたことから首を絞めて意識を失わせた後、川に落とした可能性もある。そしてポケットからは点と線で記した何かの図形に「ヒラタ」と書かれたメモが。いったい何を意味するのか？
早月（若村麻由美）の解剖の結果、被害者は首を絞められてから川に落とされたことが明らかになった。が、マリコ（沢口靖子）らの鑑定結果からは被害者が殺害されるまでにたどったルートや凶器などは特定できず、防犯カメラにも被害者の姿は捉えられていない。身元も不明のまま、唯一の手がかりは謎の図形と「ヒラタ」と書かれたメモだけだ。
山の売店でヒラタ（夙川アトム）という男が窃盗容疑で逮捕されていたことがわかった。同容疑の取り調べで、ヒラタは名前を平田治、住所は宇治市内と供述していたが、土門（内藤剛志）らの調べで住所が嘘であることが判明。本人に問いただすと、でたらめの住所ばかりを口にして蒲原（石井一彰）を翻弄する。
マリコらは手がかりとなるヒラタの衣服を取りに、万引き被害にあった売店へ行く。なんとか回収することはできたが、店主の圭子（山下容莉枝）はヒラタに食事を与え風呂まで入れたとか。万引き犯になぜそこまで…。マリコらも首をひねる。
宇佐見（風間トオル）がヒラタの衣服から植物や土などを採取、ヒラタが歩いた山のルートを割り出す可能性を見出した。一方、土門はヒラタに被害者の顔写真を見せた時の反応から二人に面識があるのではないかと直感する。
マリコの提案でヒラタにポリグラフ、うそ発見器を行うが、その証言にうそがないことがわかった。土門らは愕然とするが…!?
そんな中、マリコはある可能性を思いつき、実験を行う事に…。宇佐見が割り出したヒラタの歩行ルートを、脳指紋検査機器をつけたヒラタとともにたどることに。脳科学が導きだした、意外な真実とは？
科捜研の女2017スペシャル 2017年10月15日「決死の大追跡!猛毒を運ぶ逃亡犯VS最新鋭ドローン!!ドモンを襲う暴走列車…マリコ、涙の検視!衝撃ラスト」
第1話 2017年10月19日「衝撃スタート!緊縛マリコVS新人研究員の凍死実験!?」
第2話 2017年10月26日「マリコVS刺繍名人!変色する刺繍糸の殺人トリック!?」
第3話 2017年11月2日「折り鶴が見た殺人/マリコの上空200キロ探査!殺人犯が飛ばした折鶴の謎」
第4話 2017年11月9日「マリコの殺人コンサート!?火を放つ指揮棒と小麦の謎」
第5話 2017年11月16日「マリコVS美人科学者 抱きつくと死ぬ男達と内出血の謎」
第6話 2017年11月23日「京都民泊おもてなし殺人!?マリコのお泊りグッズ鑑定」
第7話 2017年11月30日「マリコVS現場保存のできない美人警察官!?衝撃ラスト」
第9話 2018年1月18日「姿なき狙撃犯VS監禁されたマリコ!脱いだ晴れ着で銃弾鑑定!?」
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