小さな寺の境内にある蔵の中から、ナイフを胸に突き立てられた建設会社社長・大前孝之（入江毅）の死体が発見された。奇妙だったのは、蔵には内側からカギがかけられており密室状態だったこと…。榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研の鑑定で、遺体は別の場所で殺害された後、蔵まで運び込まれたことが判明するが、犯人はいったいどんな手段で密室を作り上げたのかが、最大の謎だった。寺の住職・西念義助（田山涼成）は、“仏の天罰”だと言うが…
まもなく、殺された大前は業界では有名なやり手で、３年前、世界遺産の寺院の土地の一部を買い上げ、セレブ向けの複合ビルを建設したことが発覚。その際、強引な手段で反対派を抑え込んだことがわかった。土門刑事（内藤剛志）は、被害者に執拗につきまとっていた開発反対派の大学教授・小柳良晴（冨家規政）を疑いはじめる。
一方、科捜研のメンバー・橋口呂太（渡部秀）は、寺の近所に住む中学生たちから、周辺で“怪奇現象”が頻発していることを聞く。いったい、その怪奇現象とは…!?
第1話 2016年10月20日「美女誘拐！覆面犯を透視する０．２秒の微表情解析!!」
第2話 2016年11月3日「新幹線急加速…決死の人質救出作戦!!空飛ぶ巫女の謎」
第3話 2016年11月10日「夫婦問題カウンセラー殺人！死体が破いた離婚届の謎」
第4話 2016年11月17日「マリコ決死のヤミ鍋鑑定！誕生日に殺された美女の謎」
第5話 2016年11月24日「殺人現場を消す女！掃除の達人VSマリコの大根おろし」
第6話 2016年12月1日「京都職人技殺人！血が付かない和傘VS電気仕掛けの女」
第7話 2016年12月8日「マリコVS爆弾配達人〜“八ッ橋”が暴いた暗号文の謎」
第8話 2016年12月15日「さらば科捜研！絶対止まらない爆弾の罠…衝撃ラスト」
正月スペシャル 2017年1月3日（火）「列島大追跡！マリコｖｓ誘拐殺人犯〜24年前の未解決事件が今また動き出す!!刑事を狙う自動走行バイクと空飛ぶ身代金3000万円の謎を飛行機雲が解く！」
第9話 2017年1月12日「マリコｖｓ疑惑の女医“禁じられた解剖”と高血糖の謎」
第10話 2017年1月19日「嘘に殺された美女！脳科学が暴く人気モデルの裏の顔」
第11話 2017年1月26日「グルメ格付け殺人！死を呼ぶ裏メニューで人間発火!?」
第12話 2017年2月2日「マリコｖｓ京都花街の女！舞妓の仮装行列を透視鑑定!?」
第13話 2017年2月9日「マリコｖｓ似顔絵捜査官！顔が上下逆になる殺人犯の謎」
第15話 2017年2月23日「雪山カップルを狙う銃弾！５℃以下で白く光る美女!?」
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