百合根友久（岡田将生）はSTの功績が認められ警察庁刑事局特殊犯罪対策室の室長に抜擢となり、異動は一週間後だと命じられる。新たなSTのキャップとして就任するのは池田管理官（林遣都）。百合根がSTを抜ける事に赤城左門（藤原竜也）があっさり承諾したため、百合根は激怒。翌日も文句を言い続けるが、赤城は我関せずとばかりに先日起きた事件の現場写真に見入る。
直後、新たな遺体が発見される。先日起きた事件と同様に被害者の背中には“モモタロウ”の刻印が彫られていた。現場に到着した赤城は犯人が残した次の殺人現場のヒントを見つけ、第三の現場に急ぐ。その頃、都内の高級スポーツジムでは立てこもり事件が発生。立てこもり犯の要求は赤城左門を5分以内に連れてくること。しかし、赤城が立てこもり現場に5分で向かうのは不可能。そこで赤城は青山翔（志田未来）にすべてを任せる。
青山の指示のもと、池田は赤城になりすまし立てこもり現場へ。第三の現場に辿り着いた赤城たちは、第一、第二の遺体同様“モモタロウ”の刻印が彫られた遺体を発見する。赤城は「一連の連続殺人は一つの思想でまとまったグループによる組織的犯行」だと推理。そして、その裏には三枝（渡部篤郎）の影が!? 果たして、赤城はこの連続殺人を止める事は出来るのか!? 一方、立てこもり現場に向かった池田の運命は!? さらに三枝が警察を去った“真の目的”が明らかとなる―。
第1話 2014年7月16日「オレ様刑事と弱気な警部が難事件をズバリ解決！最高の相棒刑事ドラマ誕生」
第2話 2014年7月23日「相棒刑事が卑劣な犯罪を追う！大好評の新バディが今夜も難事件をズバリ解決！」
第3話 2014年7月30日「迫る炎に美女の悲鳴・連続放火事件に隠された謎を追え！相棒刑事が事件に挑む」
第4話 2014年8月6日「謎の集団自殺に隠された欲望の罠・哀しい男と女の悲劇を天才赤城左門が解く！」
第5話 2014年8月13日「真夏の夜の心霊スポットの謎・暗闇に美女の悲鳴が響く！証人全員の嘘を暴け！」
第6話 2014年8月20日「女医監禁の裏に医療ミスの秘密！天才赤城左門の秘められた過去が今夜明らかに」
第7話 2014年8月27日「天才・赤城左門が密室殺人の謎を暴く全員に動機アリ・死者のメッセージを解け」
第8話 2014年9月3日「母の悲しみが奏でる死の子守唄・天才赤城左門ＶＳ犯罪心理学の権威究極の対決！」
最終話 2014年9月17日「ついに最終回シリーズ最大の難事件モモタロウの謎今夜完結！黒幕の正体は？」
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