メタンハイドレート研究の第一人者、関田博士（浅野和之）が半年前の女性研究員殺害事件に関与している。そんな書き込みを見つけた佐久（小澤征悦）は、谷中刑事部長（西田敏行）に再捜査を直訴。解散した捜査本部を島野（田辺誠一）ら13係とともに立ち上げる。
前回の捜査で目撃証言から被害者をストーカーしていたらしい男が容疑者として浮上。似顔絵も作成され、継続捜査班がその男の行方を追っていたが、佐久は「捜査の邪魔になる」とそれらの情報の処分を命じる。
佐久の指示で事件を洗い直すと、目撃証言も、ストーカーの存在すらも怪しいものであることがわかった。目撃者の一人で関田のラボにいた大学院生・高橋（山口大地）もよく顔は見えなかったと証言。ただ、被害者の自宅近くでストーカーらしい男を目撃したことだけは本当だという。
いずれにしても前回の捜査本部による捜査はいい加減だったと言わざるを得ない。事件を引き継いだ所轄署の小川（モロ師岡）らも責任を感じ、島野らと一つになって犯人逮捕に尽力すると決意を固める。生まれ変わったような所轄署の刑事たちを目の当たりにした島野らは、佐久の策が当たったことを実感する。
経済産業省の陶久（中村育二）が佐久を呼び出すと、捜査に圧力をかけてきた。関田が犯人であった場合、メタンハイドレートの研究が止まってしまう。国益を優先する経産省は、先の捜査本部にも圧力をかけ、事件を未解決のまま解散させたらしい。
そんな経産省の要求をはねつけた佐久だったが、今度は谷中が佐久に事件をうやむやに終わらせるよう提案する。メタンハイドレートが生み出す7000兆円という利益は守らなければならない。しかし、佐久は「7000兆円など関係ない」と言い放つ。初めて面と向かって谷中の指示を拒否した佐久。
谷中は屋敷（塚本高史）に対して、佐久の部屋に盗聴器を仕掛けるようひそかに命じる。佐久と谷中の関係はほころびを見せ始める。
捜査本部をまとめたものの、巨大な敵に捜査を阻まれる佐久。窮地を打開するための策とは？
第1話 2014年4月16日「座らされた毒殺死体の謎」
第2話 2014年4月23日「眠れる花嫁と偽の結婚指輪」
第3話 2014年4月30日「盗聴された女子大生殺人！！」
第4話 2014年5月7日「狙われた赤いピンヒール！！」
第5話 2014年5月14日「赤い布の殺人トリック！！」
第6話 2014年5月21日「赤い炎と黒ずくめの女！！」
第7話 2014年5月28日「白骨死体と外国籍を持つ男」
最終話 2014年6月11日「殺人を見ていた婚約指輪」
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