管内で変死体が発見された。殺されたのは 曽根崎将司 (篠原さとし)、ホームレスを支援する 「にこやか村」 の職員だった。曽根崎が殺された現場には一万円札がちらばり、曽根崎自身の口の中にも一万円札が押し込まれていた。曽根崎の死因は窒息死と見られたが、奥貫 (宮迫博之) が現場で拳銃が使用された痕を発見し、事件は謎を深める。この殺人現場にあった一万円札が気になる、と 一ノ瀬 (北村一輝) は調べを進める。
一方、本田 (谷原章介) は 「にこやか村」 の実体が闇金業者であることを突き止める。代表の 灰原 (梨本謙次郎)は暴力団の元組員で、今回の事件で使用された拳銃と同じものを組員時代に取引していたことがあるという。神山恵子 (和久井映見) と本田は灰原の事務所に乗り込み、話を聞くことにする。その頃、一ノ瀬はホームレスたちの炊き出しを眺めていた…
第1話 2014年4月14日「科学捜査ＶＳ透明人間死体が語る密室の謎」
第2話 2014年4月21日「白骨死体は叫ぶ」
第4話 2014年5月5日「冤罪の連続殺人者」
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