入居男性・山路肇（森下哲夫）が焼死した“百合根荘”で、今度は石川鱒乃（長内美那子）という女性入居者が転落死する事態が発生した。
鱒乃が転落した時、彼女の部屋にいた入居者の倉林宗次朗（綿引勝彦）は、鱒乃は植木に水をやろうとして窓から落ちたのだと証言。山路も鱒乃も事故死だと主張する。
新たな事態の発生によって、山路の焼死について改めて調べることになった榊マリコ（沢口靖子）と土門刑事（内藤剛志）。もし山路の焼死が殺人だと判明した場合、すでに事故という判断を下していた藤倉甚一刑事部長（金田明夫）の責任は免れない。しかし、藤倉は「余計なことを考えず、鑑定しろ」とマリコたちに告げる。
そんな時、百合根荘の大家・掘祐子（大河内奈々子）が、山路だけではなく鱒乃にも死亡保険に加入させていたことが判明するが…!?
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故！奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠！！冤罪を生んだ鑑定ミス！？父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
第10話 2014年1月23日「襲われた女医！盗まれた解剖遺体！！奪われた二つの臓器の秘密」
第11話 2014年2月6日「殺意のバイオリン！止められた演奏、見えない証拠！！黄砂が暴く存在証明！」
第12話 2014年2月13日「フードライター殺人残された乳酸菌の秘密疑惑の数字、１５４３７３８２が暴く殺意」
第13話 2014年2月20日「美人すぎる仲居殺人残された灰の謎！？広報警官の闇！漏洩した捜査情報！！」
第14話 2014年2月27日「うどん屋爆発！矛盾する爆風、不自然な飛沫血痕！！疑惑の自首、女店主の罠」
第15話 2014年3月6日「最終章〜偽装された火災！？疑惑の焼死体…乱れた弾性繊維の秘密禁じられた遺体解剖」
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