東大井署管内で殺傷体が発見され、警視庁刑事部長の伊丹（古田新太）は所轄に捜査本部を立ち上げるが、被害者が外務省の南米課に勤めるキャリア官僚だったためか、捜査の主導権を公安に奪われそうになっていた。
国際的なテロ組織の関与も伺えると、同じ方面の大森北署署長・竜崎（杉本哲太）は、伊丹から捜査員の応援を頼まれるが、大森北署管内ではひき逃げ事件の緊急配備中で、人手を送る余裕どころか、犯人の逃走を許してしまった。
警視庁第二方面本部管理官・野間崎（古舘寛治）から、取り逃がした失態を責められたのと同時に、厚生労働省の麻薬取締部の矢島（升毅）が、泳がせていた犯人を、戸高（安田顕）が現行犯逮捕してしまったと抗議をしにやって来た。
そんな折、家庭では妻の冴子（鈴木砂羽）から、娘・美紀（三倉茉奈）の彼氏でカザフスタンに出張している三村が、墜落した飛行機に乗っていた可能性があり、連絡が取れないという知らせを受ける。
冴子は美紀の為に、何とか安否だけでも掴みたいと、個人的な伝を使ってでも外務省へ問い合わせて欲しいと夫・竜崎に頼み、竜崎は長官官房時代に付き合いがあった、外務省第三国際情報室の内山（堀部圭亮）に、墜落した飛行機に三村が乗っていたかだけでも調べて欲しいと頼むことになる。
一方、犯人は外国人と睨んだ伊丹だが、国際問題になることを恐れた外務省が緘口令を引いたため、手詰まりとなっていた。そこへタイミング良く竜崎と内山の関わりを聞いた伊丹は、外務省が掴んでいる情報を聞き出して欲しいと竜崎に助けを求める。
しかし、逆に竜崎は内山から、飛行機事故の情報を教えるのと交換条件で、外務省の同僚が殺された事件の捜査状況を教えて欲しいと迫られる。内山の背後に何かが潜んでいると感じた竜崎だが、この時はまだ上條（生瀬勝久）が知られたくない問題を隠蔽しようとしていることなど知る由もなかった…。
第1話 2014年1月13日「事件は現場だけじゃない！会議室と家庭でも起きてるんだ！！」
第2話 2014年1月20日「辞職か大逆転か！？第１部完結編！主婦をなめないで！」
第3話 2014年1月27日「果断・前編〜犯人射殺の謎と罠！最終決断！妻の命か人質の命か！」
第4話 2014年2月3日「あなたは、一国一城の主…妻から託された想い…大逆襲が始まる！」
第5話 2014年2月10日「非情の捜査中止命令…現場の意地を見せてやる！なるか一発逆転！？」
第6話 2014年2月17日「恋に落ちた警察署長…意外な刺客来日の米大統領をテロから守れ！」
第7話 2014年2月24日「爆弾テロまで７２時間！恋に落ちた署長は米大統領暗殺を防げるか！？」
第9話 2014年3月10日「ついに上條失脚へ！変人コンビがキャリア官僚の大罪を暴き出す！」
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タグ：隠蔽捜査
