閉店後のうどん店で爆発が起き、店内から身元不明の男性の死体が見つかった。店主の八木照子（田根楽子）は、火元も電気も確認して鍵も締めて帰ったと主張。現場の調査に入った榊マリコ（沢口靖子）は、照子から「自分のせいではないことを証明してくれ」とまくしたてられ、ビックリする。
店内には燃焼促進剤や火薬の類は見つからず、科捜研の調べで“粉塵爆発”だったことがわかる。粉塵爆発とは、可燃性の粉末が充満しているときに火花などにより引火して起きる爆発で、被害者はうどん粉が充満した店内に入ってきて爆発に巻き込まれたと思われた。だが、火種はいったい何なのか…!?
被害者の所持品を分析した結果、ある質店が浮上。そこは安価な質草で金を貸しつけて高利で取り立てる“偽装質店”で、照子はそこで1年半ほど前から金を借りていた事実が明らかになる。捜査一課刑事の土門薫（内藤剛志）とマリコが訪ねると、照子はちょうど偽装質店の社員・向井真哉（金井勇太）の取り立てを受けているところだった。マリコが爆発の原因について説明しようとすると、照子はなぜか粉塵爆発について詳しい知識を持っていた。
そんな中、被害者の身元が、偽装質店の社長・保富章（稲田龍雄）だと判明！ さらに、同じ偽装質店の副社長が刺殺体で発見される…。
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故！奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠！！冤罪を生んだ鑑定ミス！？父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
第10話 2014年1月23日「襲われた女医！盗まれた解剖遺体！！奪われた二つの臓器の秘密」
第11話 2014年2月6日「殺意のバイオリン！止められた演奏、見えない証拠！！黄砂が暴く存在証明！」
第12話 2014年2月13日「フードライター殺人残された乳酸菌の秘密疑惑の数字、１５４３７３８２が暴く殺意」
第13話 2014年2月20日「美人すぎる仲居殺人残された灰の謎！？広報警官の闇！漏洩した捜査情報！！」
第15話 2014年3月6日
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