老舗旅館“紀沢屋”の仲居・真嶋沙織（吉川まりあ）の刺殺体が、自宅アパートで発見された。彼女は“美人すぎる仲居”として週刊誌のグラビアに取り上げられたほどの美貌の持ち主で、遺体の近くから茶色に染めた毛髪が見つかったほか、床に灰のような白い粉が落ちていた。
榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研の鑑定の結果、毛髪は被害者のものではないと判明。また、白い粉は香の一種“練香”の灰だとわかる。被害者が勤めていた旅館では、客室や廊下で香をたいて客をもてなしており、沙織の服に付着して部屋に持ち込まれたものと思われた。香の専門店を営む篠原睦美（池津祥子）によると、紀沢屋におさめている練香は貴重な香木を配合して特別に作ったオリジナル品だという。
そんな中、現場近くを通りかかったタクシーの車載カメラから、なんと旅館の社長・紀沢武明（池内万作）が事件当夜、沙織のアパートを訪ねていたことが発覚。かねてから、紀沢は沙織に関係を迫っていたこともわかった。
その直後、タクシーの車載カメラ映像により、紀沢が容疑者として浮上したという記事が“京都日報”に掲載される。府警本部が発表していない情報がなぜ漏れたのか…!? 科捜研のメンバー・相馬涼（長田成哉）たちは前日、京都府警広報課員の江崎和帆（佐藤康恵）が京都日報の記者・羽村瑞男（小豆畑雅一）に封筒を渡しているのを目撃していたが…!?
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故！奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠！！冤罪を生んだ鑑定ミス！？父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
第10話 2014年1月23日「襲われた女医！盗まれた解剖遺体！！奪われた二つの臓器の秘密」
第11話 2014年2月6日「殺意のバイオリン！止められた演奏、見えない証拠！！黄砂が暴く存在証明！」
第12話 2014年2月13日「フードライター殺人残された乳酸菌の秘密疑惑の数字、１５４３７３８２が暴く殺意」
第14話 2014年2月27日「うどん屋爆発！矛盾する爆風、不自然な飛沫血痕！！疑惑の自首、女店主の罠」
科捜研の女 第13シーズン TOPへ
各話視聴率
2013年秋ドラマ（10-12月）TOPへ
2013年秋ドラマ視聴率一覧へ
