フードライター・錦織綾音（原田佳奈）の死体が、路上で見つかった。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研の調査と風丘早月（若村麻由美）による解剖の結果、頭を棒状の凶器で殴られて死亡したことがわかった。被害者は別の場所で殴られたあと、自力で歩いて、死体発見現場で力尽きて亡くなったようだ。
また、頭部傷口の皮膚からは乳酸菌が検出され、右手指先に水泡を伴う炎症が見つかった。さらに、遺体のポケットからは、謎の12ケタの数字が書かれた消しゴムが発見される。
胃の内容物を分析した結果、被害者は死の直前、豆乳を口にしていたことが判明。マリコは、綾音が雑誌で紹介した豆乳ヨーグルトの店を訪ねることに…。その店は、被害者の高校時代の同級生・亀谷操（白羽ゆり）がオーナーを務めており、事件当日、確かに綾音がやって来て、豆乳ヨーグルトを食べたという。綾音は操の店を出た後、同じく高校の同級生である星野恵美（久保田磨希）の実家が営む味噌蔵を訪ねたらしい。
乳酸菌は、豆乳ヨーグルトにも味噌にも多く含まれている…。マリコたちは彼女たちの商品に含まれている乳酸菌を調査するが、直後、ある農家で採取した乳酸菌のDNAが、被害者から採取した乳酸菌のものと一致する…！ その農家には、綾音たちの高校時代の同級生・水沢香澄（小野真弓）が嫁いでいた…！ いったい高校の同級生たちの間に何があったのか…!? 消しゴムに書かれた数字の意味とは…!?
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故！奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠！！冤罪を生んだ鑑定ミス！？父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
第10話 2014年1月23日「襲われた女医！盗まれた解剖遺体！！奪われた二つの臓器の秘密」
第11話 2014年2月6日「殺意のバイオリン！止められた演奏、見えない証拠！！黄砂が暴く存在証明！」
第13話 2014年2月20日「美人すぎる仲居殺人残された灰の謎！？広報警官の闇！漏洩した捜査情報！！」
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