NPSのメンバーがSATから出向してきた蘇我（綾野剛）の歓迎会を開いていた 頃、女子高生の加藤由真（飯豊まりえ）が、睡眠薬で自殺を図ったという連絡が入る。ここしばらく、自殺者の傍から「M」が使用するのと同じ、ナイクラッド弾が残されている事件が連発していたことが判明し、「M」との関連性が疑われていた。
由真が救急車で運ばれた先は、偶然ゆづる（吹石一恵）が勤める病院で、床の上に落ちた拳銃の弾を拾ったゆづるは、ちょうど入院していた秋（土屋アンナ）に、拳銃の弾を見せ相談する。一命を取り留めた真由から一號（向井理）らは話を聞くと、その背景に「神父」というハンドルネームの人物が浮かび上がる。
NPSは、「神父」の居場所をつきとめ、確保に向かう。「神父」こと板橋満生（滝藤賢一）の部屋に突入するが、板橋の姿はなかった。その頃、板橋はナイクラッド弾の箱を持って交番に自首をしていたのだった。「神父」こと、板橋から話を聞く一號たちだが、その真意は…。
第1話 2014年1月12日「俺は誰も死なせないその男の手は命の盾！第３の特殊部隊誕生」
第2話 2014年1月19日「爆弾魔が銀行襲撃！掲げる信条の激突！」
第3話 2014年1月26日「国際テロリストＭ上陸！我らこそ命の砦」
第4話 2014年2月2日「最強の敵Ｍを倒せ！真のバディとなって」
第6話 2014年2月16日「人質は息子！バスジャックから家族守れ」
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