郊外の訓練施設で実施されたSATとNPSの合同訓練。初日の障害踏破訓練、異なる理念を掲げる2つの特殊部隊の直接対決は、互いの意地と誇りをぶつけ合う熾烈な戦いとなった。二日目「エントリー訓練」の直前に、前代未聞の事件が発生する。「エントリー訓練」に人質役を買って出ていた横川秋（土屋アンナ）が、会場に向かう途中で国際テロリスト「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）に襲撃され拉致されたのだ。
警察幹部たちは、日本警察最後の砦たる「S」が出し抜かれたという失態を公にすることを良しとせず、警察内部にも極秘でSAT本部に現場警備本部を設置することにする。息詰まる時間が流れるなか、警察幹部の対応に憤りを感じる一號（向井理）の携帯に、秋からのメールが届く。添付された動画には、傷だらけでグッタリしている秋が拘束されている姿と、銃を秋に突きつけている正木の姿が写っている。そして、正木が一號に対して「お前が一人でここに来い。さもないと、この女の命はない」とメッセージを告げるのだった。
「N」システムの照会データと現場付近の防犯カメラ、送られてきた動画の音声解析で秋が拉致された場所をつきとめたSAT・NPSの隊員たちは、ついに侵入を始めるのだが、それは一號を孤立させるための罠だと蘇我（綾野剛）は気がつく。香椎（大森南朋）はそのことを一號に告げるのだが、すでに一號の前には正木が姿を現し･･･。
第1話 2014年1月12日「俺は誰も死なせないその男の手は命の盾！第３の特殊部隊誕生」
第2話 2014年1月19日「爆弾魔が銀行襲撃！掲げる信条の激突！」
第3話 2014年1月26日「国際テロリストＭ上陸！我らこそ命の砦」
第5話 2014年2月9日「新たな仲間はスナイパー蘇我！善か悪か？悲しきテロ」
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