スナックのホステス・真壁聡美（加藤千果）が、何者かに突き飛ばされてトラックにはねられる事件が起きた。現場に駆けつけた榊マリコ（沢口靖子）は、洛北医大の風丘早月（若村麻由美）に解剖を依頼する。
だが早月がスタンガンで襲われ、洛北医大から解剖前の聡美の遺体が盗まれる事件が発生！ しかも数日後、肝臓と腎臓が取り出された無残な姿で発見される…！ 犯人が遺体を盗んだのは、臓器を抜き取るためなのか…!?
責任を痛感する早月は、真実を突き止めるためにも再び解剖を担当させてほしいと望むが、刑事部長・藤倉甚一（金田明夫）ら府警本部は遺体が盗まれた失態を重く見て、今後、洛北医大で解剖を行わないと決定。やむなくマリコは、京都医科歯科大の法医学者・佐沢真（野村宏伸）と解剖に臨む。
そんな中、京都日報の記者・羽村瑞男（小豆畑雅一）に一連の事件がスクープされ、早月は情報漏洩の責任を追及されることに…！ その上、新たに臓器なき死体が発見される…。
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
科捜研の女スペシャル 2013年12月25日「疑惑の観光タクシー予告された転落事故！奇妙なタイヤ痕、飛沫血痕の罠！！冤罪を生んだ鑑定ミス！？父親に尋問されるマリコ！辞職を要求する元管理官」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
第11話 2014年2月6日「殺意のバイオリン！止められた演奏、見えない証拠！！黄砂が暴く存在証明！」
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