タクシーの転落事故発生の知らせを受けて駆けつけた榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研のメンバーは、交通事故の現場にもかかわらず、捜査一課刑事の土門薫（内藤剛志）や刑事部鑑識の藤倉甚一（金田明夫）らが現れたことに驚く。土門によるとその日の朝、タクシー会社に「タクシーを止めろ。何かが起きるかもしれない」と事故を予告するかのような電話が入っていたのだという。
タクシーは予約貸切制で、カップルを乗せて京都の観光名所をまわっていたところだった。運転手の島地俊輔（柴田善行）は即死し、男性客の羽間満（永田彬）は搬送先の病院で死亡。女性客の岩井穂乃香（三津谷葉子）だけが一命を取り留めたものの、意識不明の重体だった。タイヤ痕を分析した結果、島地はブレーキを踏まずにアクセルを踏み、直後にガードレールを超えて転落していたことが判明。島地の遺体からは薬物やアルコールは検出されず、マリコと風丘早月（若村麻由美）の解剖でも不審な所見はなかった。
そんな中、予告電話をかけたのは、羽間の妹・琴音（水崎綾女）だったとわかる。琴音は兄の恋人である穂乃香が以前、島地とひそかに会っているのを目撃。今回の京都観光の運転手が島地だと知って怪しんで、警告の電話をかけたのだと話す。
その後の調べで、穂乃香は羽間と交際する以前、島地とつきあっていたことが発覚。さらに、事故の3日前、すでに決まっていたドライバーに、島地が自ら今回の京都観光の運転手を代わってほしいと申し出て、引き受けていたこともわかった。それらのことから、島地は穂乃香と彼女の現在の恋人・羽間を巻き添えに無理心中したものと断定され、殺人を動機とした自殺として被疑者死亡で送検された。
ところがその矢先、穂乃香の意識が戻り、彼女から衝撃の証言が飛び出し、事件は一転、事故と判明する。冤罪を作った捜査一課ならびに科捜研は監察官の聴取を受けることになった。その主任監察官としてやって来たのは、かつて京都府警捜査一課の管理官だった芝美紀江（戸田菜穂）。さらに、元科捜研所長でマリコの父・榊伊知郎（小野武彦）が科学監察官として科捜研を取り調べにやって来る…。
第1話 2013年10月17日「殺人者からの挑戦状告発された鑑定ミス！鑑識課長に潜む闇…」
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
第3話 2013年10月31日「狙われた観光名所！科捜研ｖｓサイバー犯罪疑惑の合成写真！！」
第4話 2013年11月7日「京版画殺人！破門された男ｖｓ恋人を捨てた女！！連続殺人を結ぶ雲母の秘密！」
第5話 2013年11月14日「矛盾する鑑定！法医学ｖｓ化学！！空白の１５分死亡時刻に潜む殺意」
第6話 2013年11月21日「白骨を奪い合う女！妻ｖｓ愛人、復讐殺人の罠！！殺された男が仕組んだ事故！？」
第7話 2013年11月28日「過去から来たテロリスト！獄中の鑑定対決マリコＶＳ殺人科学者」
第8話 2013年12月12日「身勝手な証言者！放火犯を擁護する男の罠２５年目の真実！壊れた石地蔵の謎」
第9話 2013年1月16日「転落死の闇！禁じられた検証実験！！捜査情報を絶たれたマリコ」
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