海診丸は細女島を訪れる。その朝、航太（松田翔太）ら海診丸のメンバーは、事務長の日内（荒川良々）のようすがおかしいことに不審を抱く。こそこそショートメールをしていたかと思えば、急用ができたと言って出かけてしまったのだ。
眞子（武井咲）に命じられて、昇（福士蒼汰）とともに日内の後を追った航太は、彼が旅館で若い妊婦と密会しているところを目撃する。驚いた航太たちは、何も見なかったことにしようと決め、葵（藤原紀香）にウソの報告をした。しかし葵には通用せず、事情を知った葵は、怒りに震えながらその旅館に乗り込む。
するとそこにいたのは、葵の妹・巴（榮倉奈々）だった。巴は、親元を飛び出し、恋人と同棲していて妊娠したらしい。だが、その恋人とケンカして家を飛び出してしまい、お金に困って日内に連絡してきたのだ。
葵は、そんな巴を厳しく非難した。それに反発した巴は、航太を頼り、彼を味方につける。航太は、葵と巴の間に入ってその仲を取り持とうとしたが、上手くいかない。
そんななか、巴は、母親になる自信がない、と航太に打ち明ける。それを聞いた日内は、困った挙句、巴と結婚してほしい、と航太に頼むが…。
第1話 2013年10月14日「瀬戸内海の美しい島々を巡る病院船の物語が今始まる」
第2話 2013年10月21日「ちいさな島の小学校・たった１人の生徒と先生の絆」
第3話 2013年10月28日「瀬戸の花嫁」
第4話 2013年11月4日「美人研修医は超ワガママお嬢様！？」
第5話 2013年11月11日「みかんがつなぐ家族の絆」
第6話 2013年11月18日「元ヤン介護士、離島介護に懸ける夢」
第7話 2013年11月25日「謎の女ついに登場！海診丸最大の危機」
第8話 2013年12月2日「憧れの先輩と再会！看護師昇の恋！？」
第10話 2013年12月16日「ついに最終章！！Ｄｒコータの選んだ結末とは！？」
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