両親と弟を飛行機事故でなくした女子高生・当麻紗綾（戸田恵梨香）のもとに、警視庁弐係の・近藤（徳井優）という刑事がやってきた。
「あなたの家族はスペックを持つ者たちに殺された可能性が高い」。
スペック――当麻が初めてその言葉を聞いた瞬間だった。
６年後、その話を片時も忘れたことのない当麻は、迷わず刑事の道を選ぶ。
ＦＢＩ研修を終え帰国した当麻は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係への配属が決まり、係長の野々村（竜雷太）に出迎えられる。
一方、ニノマエ（神木隆之介）は地居（城田優）の策略により、当麻を親の敵と憎み、あらゆる手で当麻を追い詰めようとする。地居によって歪められた当麻とニノマエは仲の良い姉弟だった記憶をいっさい消され、命を賭けた戦いへと向かうことに。
そして、その渦の中に巻き込まれた一人の少女・真帆（川島海荷）。カノジョを守るため、当麻はSPECを使うことになるのだが……。
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