農園経営者・篠塚秀実（手塚理美）が、温室内で死体となって発見された。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研のメンバーも現場に駆けつけるが、奈良県警から異動してきた新任の鑑識課長・藤倉甚一（金田明夫）に「科捜研は後だ。まずはウチが調べる」と追い払われ、なかなか遺体に近づけさせてもらえない。だが、マリコは現場に残るかすかな匂いに気づき、即座に死因が青酸ガス中毒であることを見抜く。
自殺ではないかと話す相馬涼（長田成哉）たちの会話を耳にした藤倉は「余計な口出しをするな。判断するのは刑事だ」と激怒。事件関係者と接触し、捜査にも同行するマリコたちのやり方についても「邪道だ」と切り捨てる。
そんな中、土門の捜査で、死んだ秀実は20年前まで奈良県警の科捜研で法医研究員として働いていたことがわかる。当時、藤倉も奈良県警の鑑識課に在籍していたはず。藤倉は秀実と面識があったにもかかわらず、一切その事実を口にしなかった。土門は、藤倉が秀実の遺体から故意に科捜研を遠ざけようとしたのではないかと疑う。
その矢先、秀実の弁護士が、「自殺という判断には納得いかない」と再捜査を要求。民間の鑑定機関“鷹城科学鑑定ラボラトリー”に、鑑定を依頼すると発表した。
科捜研が見つけられなかった証拠を民間の機関が発見したら、科捜研、ひいては京都府警もただではすまない。だが、真実を明らかにしたいと願うマリコは、科捜研での鑑定結果をラボ代表の鷹城京介（宅麻伸）に提出する…。
第2話 2013年10月24日「２０年目の罠！誘拐された真犯人！！爆死まで５秒、起爆装置の謎」
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