『海診丸』は、瀬戸内海の無医島を巡り、医療サービスを提供する診療船。医師やスタッフたちは、病院並みの設備を持つこの船で共同生活を送りながら、島々を回っている。そんなある日、海診丸にひとりの医師がやってくることになった。その男の名は瀬崎航太（松田翔太）。北海道出身のフリーランスの総合診療医だ。
元ヤンキーだというウワサもある看護師の戸神眞子（武井咲）、内科医の内村葵（藤原紀香）、看護師の三崎昇（福士蒼汰）、事務員で葵の夫でもある日内晃（荒川良々）、船長兼料理長の海藤剛（寺島進）ら海診丸のスタッフは、航太の歓迎会を準備していた。が、約束の時間より大幅に遅れてやってきた航太は、風呂上がりの眞子に出くわし、不審者に間違われて彼女に蹴り飛ばされてしまう。
あくる朝、改めてスタッフたちに自己紹介をした航太は、さっそく実務に就いた。今回、海診丸が訪れたのは千登勢島だ。午前中、航太は、集まってきた島民たちの診察をした。しかし眞子は、胃の痛みが取れないという患者に炭酸飲料を飲むよう勧めるなど、いい加減とも思える航太診察ぶりに半ばあきれていた。
午後、航太は、眞子とともに往診に出かける。明日は島の祭りがあるらしく、太鼓の練習をしている男・宮脇拓也（高橋努）の姿もあった。往診の帰り、航太は、墓石の前で涙を流していた女性・村上美月（加藤あい）に気づき、その美しい姿に心を奪われる。美月は、この島で造船業を営む道則（片岡鶴太郎）の娘だった。廃業し、家を売ろうとしている道則と、亡き母の思い出が残る家を守りたいという思いからそれに反対している美月が衝突していることを知った航太は、美月と結婚して道則の後を継ごうと決意。眞子たち海診丸のスタッフにいきなり「明日で船を降りる」と宣言するが…。
第2話 2013年10月21日「ちいさな島の小学校・たった１人の生徒と先生の絆」
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