森田宗介（西村雅彦）が時おり和菓子店を訪れ、パート店員・長島弥生（酒井美紀）と談笑していることを知った仙堂卓巳（正名僕蔵）は、いつも高圧的な森田の弱みを握ろうと画策。同僚刑事・遠山修介（眞島秀和）を引き連れ、森田を尾行する。そのときだ。２人は偽造クレジットカードの取引現場に遭遇。だが、カードを買った男の一人を除き、全員取り逃がしてしまう。その翌日、偽造カードを売った男・岡野太一（村田充）の変死体が、月島中央署管内で見つかった！ 遺留品を改めた糸村聡（上川隆也）は、前日の取引で得たはずの金が消えていることを発見。さらに、現場に落ちていた水上バスのチケットが気になってしまう。そのチケットにはなぜか、茶色い染みが付着していた…。
さっそく特捜本部が設置され、月島中央署と警視庁捜査一課の面々は捜査を開始。まもなく、もうひとつの殺人事件が発覚する。新人作家・浅井徹（伊勢谷能宣）が自宅で殺されていたのだ。岡野が生前、浅井との間に“あるトラブル”を抱えていたとの情報から、岡野＝犯人説が浮上。だが、殺人の動機としては弱すぎる感が否めず、捜査員たちはどうも釈然としない。
一方、水上バスのチケットに付いていた指紋が特許庁職員・三枝達也（鈴木浩介）のものだという事実を掴んだ糸村は、彼のもとを訪問。だが、糸村からその報告を受けた森田と管理官・金子丈弥（小木茂光）は、瞬時に顔色を変える。さらに、糸村の案内で三枝の自宅を訪れた森田は、彼が不在であることを確かめると、どういうわけか弥生の自宅へ。実は森田らと三枝、弥生の間には“今なお消し去ることのできない接点”があり…!?
やがて、岡野殺しの容疑者を特定する重要な証拠が見つかった！ 容疑者の身柄を確保するため、特捜本部はローラー作戦を開始。そんな中、糸村は容疑者の家で見つけたドロップ缶に関心を寄せる――。
第1話 2013年4月17日「ハーモニカ」
第2話 2013年4月24日「ルビーの指輪」
第3話 2013年5月1日「赤の香水」
第4話 2013年5月8日「ふたつの茶杯」
第5話 2013年5月15日「折れた絵筆」
第6話 2013年5月22日「スタンプカード」
第7話 2013年5月29日「立証〜離婚弁護士香月佳美〜立証」
最終話 2013年6月12日「最後の遺留品！！森の中の真っ赤なドロップ」
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タグ：遺留捜査（第3シーズン）
