ある日の深夜――。カリスマ数学教師・安西俊明（北見敏之）が勤務先である名門女子高の講師室において、鋭利な刃物で切りつけられて絶命。そばには凶器と思われるカッターナイフが落ちており、財布からは現金が抜き取られていた。しかも不可解なことに、灰皿には紙を燃やしたような灰が残っており、被害者の手にも微量の灰が付着していたのだ。
そんな中、現場を検証した糸村聡（上川隆也）は、部屋の一角に目を留める。そこには、被害者の持ち物である中国茶用の茶碗が２つ置いてあった。だが、室内にコーヒーはあったものの、中国茶の茶葉は見当たらない。コーヒー党と思われる被害者が、なぜ中国茶用の茶碗など持っていたのか…!? 理由が気になって仕方がない糸村は、フリースクールの教師をしている被害者の息子・安西和也（黄川田将也）に茶碗を見せることに。だが、和也は見覚えがないという。なんでも大学受験に失敗して以来、エリート育成のみに価値を見出す俊明に切り捨てられ、絶縁状態だったそうだ。
一方、入校者名簿に目を通した森田宗介（西村雅彦）は、生徒の保護者・大橋良一（山中敦史）と教科書の販売業者・久保栄司（少路勇介）が最近、何度も俊明を訪問していた事実を掴む。時を同じくして、俊明が良一の娘・大橋香菜（荒井萌）と頻繁に携帯電話で連絡を取っていたことも判明。良一が“あること”で俊明と揉めていたことも明らかになる。しかも、香菜は事件当日から謎の失踪を遂げており…!?
月島中央署の面々が香菜を重要参考人として捜索する中、糸村は相変わらず茶碗に固執。東奔西走の末、雨宮玲子（森脇英理子）が経営する店で購入した品であることを突き止める。しかも、その店を訪れた糸村は、意外な人物と鉢合わせになり…！ さらに、改めて事件現場を検証した糸村は思わぬ場所から、捜査の方向性を決定づける“重要な証拠”を見つける――。
第1話 2013年4月17日「ハーモニカ」
第2話 2013年4月24日「ルビーの指輪」
第3話 2013年5月1日「赤の香水」
第5話 2013年5月15日「折れた絵筆」
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タグ：遺留捜査（第3シーズン）
