京都市内の公園で、男の刺殺体が見つかった。被害者は警視庁上野毛署の刑事・郡侍利信（小西康久）で、京都府警捜査一課の管理官・芝美紀江（戸田菜穂）のかつての部下だとわかる。その直後、美紀江が現場近くの寺の階段下で倒れているのが発見される。美紀江は意識不明で目撃者もおらず、転落が事故なのか事件なのかわからない。
そんな中、郡侍の爪の中から採取したDNAが、半年前に東京・上野毛で起きた“上野毛ストーカー殺人事件”の現場で見つかった毛髪のDNAと一致する。“上野毛ストーカー殺人事件”は、美紀江が警視庁から京都府警に異動になるきっかけとなった事件だった。
ストーカー殺人と今回の事件には、何かつながりがあるのか…!? 手がかりを求めて、マリコ（沢口靖子）はいまだ意識の戻らない美紀江の“生前検視”を行う。その結果、美紀江が傷を負ったのは、郡侍の死亡推定時刻と同じ時刻だと判明。さらに郡侍を京都まで呼び出したのは美紀江だという事実が浮かび上がる。
土門刑事（内藤剛志）は郡侍を刺した犯人が美紀江である可能性も視野に入れて捜査するべきと主張、美紀江を信じるマリコと対立する。その矢先、土門は、ストーカー殺人事件の被害者の両親が京都に移住していることを知り、父親の野添亮司（矢崎滋）に会うが…!?
第1話 2013年1月10日 科捜研の女スタート２時間スペシャル「疑惑の銃撃戦！立てこもり事件の謎！？矛盾する弾道、接点なき共犯者の罠！顔＋歩容認証が暴く真実！！エリート管理官に潜む闇…」
第2話 2013年1月17日「枯山水殺人！作られた密室、描き直した紋様の秘密…」
第3話 2013年1月24日「夜祭の凶弾！疑惑のともし火、母娘に隠された罠…」
第4話 2013年1月31日「疑惑の白骨死体！残された押収拳銃の謎」
第5話 2013年2月14日「殉職刑事が残した謎血液指紋の告発…」
第6話 2013年2月21日「謎の転落死体！不可解な落下地点！！疑惑の花嫁、偽りの家族愛」
第7話 2013年2月28日「警察犬の死角！消えたロック歌手、途切れた臭いの罠」
第8話 2013年3月7日「疑惑の女たち！奇妙な溺死体、不可思議な海水の秘密」
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