左京西署の元刑事・成尾優也（田中幸太朗）の死の真相を追っていた権藤刑事（高橋光臣）が、刺殺体となって見つかった。成尾の妹・蒼（山谷花純）を追手から逃がそうとして犠牲になったようだった。
科学捜査は、いついかなるときでも冷静かつ客観的でなくてはならない…。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研メンバーは涙をこらえて検視や鑑定に当たり、権藤の所持品から警察手帳がなくなっていたことに気づくと共に、息を引き取る直前、権藤が蒼のスマートフォンに手を伸ばし、震える手で電源を切ったことを突き止める。マリコは、これは権藤から自分たちに向けたメッセージではないかと考えるが、なぜ電源を落としたのかがわからない。
土門刑事（内藤剛志）とマリコは、おそらく権藤は４年前の拳銃紛失事件や白骨死体で発見された清掃員・吉岡繁信（上野秀年）の殺害事件、さらには成尾殺害の真相にも迫っていたに違いないと推理。権藤が命がけで守った蒼の行方を懸命に捜すが…!?
第1話 2013年1月10日 科捜研の女スタート２時間スペシャル「疑惑の銃撃戦！立てこもり事件の謎！？矛盾する弾道、接点なき共犯者の罠！顔＋歩容認証が暴く真実！！エリート管理官に潜む闇…」
第2話 2013年1月17日「枯山水殺人！作られた密室、描き直した紋様の秘密…」
第3話 2013年1月24日「夜祭の凶弾！疑惑のともし火、母娘に隠された罠…」
第4話 2013年1月31日「疑惑の白骨死体！残された押収拳銃の謎」
第6話 2013年2月21日「謎の転落死体！不可解な落下地点！！疑惑の花嫁、偽りの家族愛」
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