京都市内のアパートで男性の死体が発見された。偶然、現場近くにいた榊マリコ（沢口靖子）は検視を申し出るが、左京西署の江原刑事課長（隆大介）は状況から明らかな自殺と断定、必要ないと突っぱねる。
その後、自殺したのは、左京西署の元警察官・成尾優也（田中幸太朗）と判明。成尾は京都府警の権藤刑事（高橋光臣）と同期で、警察学校も一緒だったという。その権藤は「実家に帰る」と言って３日間の休暇を取っていたが、成尾の死体発見時、彼のアパート前に群がる野次馬の中に権藤の姿を見かけたマリコは不審に思う。
直後、造成地の土中から、男性の白骨死体と拳銃が見つかったという知らせが入る。科捜研の調べで、なんと拳銃は５年前、左京西署が暴力団事務所から押収した５丁のうちの１丁であることが発覚。しかも、成尾がそれらの拳銃を持ち出した容疑をかけられ、４年前、依願退職に追い込まれていたことがわかる。
第1話 2013年1月10日 科捜研の女スタート２時間スペシャル「疑惑の銃撃戦！立てこもり事件の謎！？矛盾する弾道、接点なき共犯者の罠！顔＋歩容認証が暴く真実！！エリート管理官に潜む闇…」
第2話 2013年1月17日「枯山水殺人！作られた密室、描き直した紋様の秘密…」
第3話 2013年1月24日「夜祭の凶弾！疑惑のともし火、母娘に隠された罠…」
第5話 2013年2月14日「殉職刑事が残した謎血液指紋の告発…」
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