ある夜、京都市内のビル最上階に、銃を持った犯人が立てこもる事件が起きた。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研のメンバーも現場に急行する。
現場では、来週からこのビルに入居予定だった企業の社長・湯川達明（柴田善行）が一人で残業していたという。ビル管理会社の東勇司（柳下大）らによれば、犯人は防犯カメラに映らずに最上階に侵入していた。つまり犯人はビル内部の事情に詳しい可能性があった。
マリコたちはレーザー盗聴器とサーモグラフィの設置を提案、現場内部の様子を探る作業に取りかかる。盗聴器からは「…湯川」「殺した…」という不穏な言葉を断片的に聴き取ることができたが、複数の犯人が会話しているのか、単独犯が電話で話しているのかがわからない。また、サーモグラフィで映し出された人物の一人の皮膚温度がかなり低下しており、非常に危険な状態と判明。マリコは、すぐ救出をと訴える。
佐久間刑事部長（田中健）は、人質の位置すら確認できない中での突入は危険すぎると躊躇するが、最終的には郷田警備部長（高杉亘）が佐伯本部長（西田健）の許可を得て、銃器対策部隊の小隊長・鷲頭新（蟹江一平）らを現場に突入させた。直後、「そんなッ…」という鷲頭の押し殺した声が無線から聞こえるが、その瞬間、銃声が響き渡り、マリコたちは息を飲んだ…。
マリコたちが現場に飛び込むと、湯川社長と犯人らしき人物が倒れていた。解剖と現場検証の結果、湯川は犯人によって撃たれたことがわかるが、犯人は銃器対策部隊の隊員に手を撃たれた直後、鷲頭が腹部を撃ち、致命傷を与えていたことがわかる。土門刑事（内藤剛志）は、急所を外して撃つことができなかったのかと鷲頭の行動に疑問を持つ。
犯人の身元につながるものは見つからず素性がわからない。ただ犯人が使っていた携帯電話の履歴は消されていたものの、マリコたちは犯人が現場から東京在住の吉井孝子（大寶智子）という女に電話をかけていたことを突き止める。
警視庁から京都府警に異動してきた管理官・芝美紀江（戸田菜穂）は、孝子を重要参考人として任意同行すべきと主張。佐伯らは「警視庁の管轄から被疑者を移動して事件と無関係だったら冤罪だと騒がれる」と渋るが、美紀江は「冤罪を恐れて捜査を止める気ですか？」と上層部にくってかかり、その美紀江の強硬な姿勢に、マリコたちは驚く…。
第2話 2013年1月17日「枯山水殺人！作られた密室、描き直した紋様の秘密…」
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