息子・和輝（佐野岳）のアルバイト先である太秦映画村を訪ねた橘珠子（真矢みき）は、家族旅行に来ていた小学生・藤野海斗（高木陸）がいなくなったところに遭遇する。父親の会社社長・藤野猛（矢島健一）や母親の加織（中山忍）が目を離した一瞬の間の出来事で、同行していた子守のお手伝い・高梨優美子（佐藤仁美）もたまたま現場を離れていた…。
まもなく藤野の携帯電話に「息子を預かった。5000万円用意しろ」という脅迫メールが届く。海斗には持病があり、薬が切れたときに発作が起きると命にかかわると聞き、珠子たちは泊まり込みで捜査にあたることに。だが、藤野は強引なワンマン社長で恨みを持つ人物は多く、容疑者を絞り込むのは難しかった。また、海斗は藤野と死別した前妻との間に生まれた子どもで、なかなかなついてくれず、加織が悩んでいたこともわかる。
翌朝、犯人から「5000万円をカバンに入れ、女に持たせて嵯峨嵐山駅に来い」という指示がメールで届く。だが、加織が貧血で倒れてしまい、優美子がかわりに受け渡し役を買って出た。犯人はまたもやメールで、駅のロッカーに用意しておいた黄色のジャンバーと帽子をかぶってトロッコ列車に乗るよう指示する。目立つ色の帽子やジャンバーを優美子に着せたのは、目印にするためなのか…。珠子たちは、犯人がどこからか監視しているに違いないと、改めて緊張を走らせる。
その後、優美子は犯人の指示に従ってカバンをゴミ袋に入れてゴミ箱に捨てたのち、保津川下りの船に乗り込んだ。珠子たちは犯人がカバンを取りに来るものとみて張り込みを続けていた。
ところが、着船場に先回りしていた河本麻里（内山理名）が、近くの雑木林で藤野の義弟・今村裕二（古宮基成）の死体を発見する。今村は、海斗が誘拐される直前、現場に現れて藤野に金の無心をしていたことが判明。さらに今村の携帯電話の送信履歴から、脅迫メールの文面が見つかった。
珠子たちは、今村が海斗を誘拐したものの、共犯者と仲間割れして殺されたのではないかとにらむ。だが、そんな中、貧血で倒れてホテルで休んでいたはずの加織が、２時間近くも出歩いていたことが発覚！
麻里は、加織を疑うが…!?
第1話 2012年10月18日 初回スペシャル「京都旅情ミステリー登場！五山送り火が暴く母２人の殺人計画！！」
第2話 2012年10月25日 拡大スペシャル「京都〜 有馬温泉１２０キロアリバイ！！死体を瞬間移動させた祇園美女！？」
第3話 2012年11月8日「京都祇園〜札幌アリバイ崩し！！舞妓５年後の復讐殺人」
第4話 2012年11月15日「秋の京都で生き返った女！！１５年目の再会…姉妹の殺人トリック」
第5話 2012年11月22日 京都の秋！拡大スペシャル「容疑者は花嫁の父！消された殺人の記憶…二人の婚約者の謎！？」
最終話 2012年12月6日 最終回２時間スペシャル！「京都の観光ルートを封鎖せよ！！嵐山〜祇園〜金閣寺…紅葉に潜む逃亡犯！東京へ福井へ３つの殺人の点と線！名門家元ｖｓ母、茶室の中の対決！！」
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