チョコザイ（中居正広）の身元引受人となった沢（北村一輝）が、同居のため舞子（栗山千明）の父が所有するアパートに引っ越してきた。舞子は保護主任者としてチョコザイの検査のために送り迎えをすることになった。
夜勤明けで朝から酔っている犬飼（中村靖日）は沢を呼び出し、先日から気がかりだった違法電波がアメリカ大使館からのもので、公安の外事が揉み消しに動いていると告げる。嫌な予感がした沢は、「そのことは忘れろ」と忠告するが、納得のいかない犬飼は一人でも調べると言い張る。そんな時、沢に事件の連絡が入った。長岡満（布施紀行）という青年が自宅アパートで手首を切りバスタブの水に手を入れた状態で亡くなっていたのが発見されたという。大家の石嶺（花王おさむ）の通報で駆け付けた警察が家宅捜査や鑑識を行った結果、後頭部に腫れはあるものの自殺の可能性いと判断された。
同じ頃、検査のためチョコザイと舞子がタクシーにて移動していると、横断歩道の途中で、苦しそうにしゃがみ込む女性・水瀬咲絵（寺島咲）に遭遇。慌てて舞子が駆け寄ると、咲絵は鞄から電子チューナーを取り出し、自分の耳に当て何かを聞き始めた。その時、チョコザイが「440ヘルツ、Aです」と呟く。舞子には何の事だか見当がつかなかったが、咲絵はチョコザイの一言に驚きを隠せない様子。事情を聴くと、咲絵には絶対音感があり周波数までわかってしまうため、睡眠時以外は不協和音で体調を壊してしまうという。
舞子がチョコザイをともなって咲絵を自宅アパートまで送っていくと、沢たちが捜査をしていた。亡くなった長岡の部屋の左隣が咲絵の部屋だったのだ。長岡の右隣に住む東（石田卓也）に事情を聴き捜査を進めるが、事件性がないことから自殺だと断定。納得のいかない舞子は、科捜研の渥見 （田中哲司）を訪ね、長岡の部屋の中に残っていた正体不明の指紋を見つけたと聞き…。
第1話 2012年4月15日「謎の青年が呟く殺人事件のキーワード！世界初の新感覚ミステリ登場」
第2話 2012年4月22日「証拠ゼロの殺人！完全犯罪を突き崩せ！！」
第3話 2012年4月29日「身勝手な男心ＶＳ奇妙な女心」
第4話 2012年5月6日「最大の危機！！チョコザイ拉致＆天才鑑定士の罠」
第5話 2012年5月13日「本当にあった透明人間事件」
第7話 2012年5月27日「さらば男達の絆！！殺人刑事」
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