科捜研の研究員・吉崎泰乃（奥田恵梨華）を救急車内で襲って逃げた女は、彼女の幼なじみの"茅野瑞子"ではなく、爆弾事件の犯人一味だと思われた…。
一連の事件の裏側に、かつて大阪で起きた"連続金融機関脅迫事件"が潜んでいることを確信したマリコ（沢口靖子）と土門刑事（内藤剛志）は、15年前、犯人たちがアジトにしていた廃農場を訪れ、遺留品を分析。その結果、当時の事件の主犯とされる崎本善彦（浅田祐二）の娘・菜津美のほかに、同じ年くらいの女の子が一緒に農場に住んでいた事実を突き止める。
その女の子は、茅野瑞子だったのではないか…。そして瑞子のふりをして逃走した女こそ、15年前、アジトの爆発から逃れて生き残った菜津美なのではないか…。そう考えたマリコたちは菜津美の行方を調べると共に、食品輸入会社を営む瑞子の父・孝英（橋爪淳）を改めて直撃する。はたして茅野親子は15年前、どう事件に関わっていたのか…!?
そんな中、孝英のもとに瑞子を誘拐したという身代金要求の電話が入る…！ 一方、京都府警本部長・大西武政（津川雅彦）は「15年前の事件をほじくり返すな」と激怒して…。
第1話 2011年10月20日「法務省から来た女！疑惑の検事！隠された銃弾の秘密！！京都〜奈良を結ぶ冤罪の罠！？」
第2話 2011年10月27日「山肌に残された香り奇妙な転落死体の謎」
第3話 2011年11月3日「疑惑の騎馬警官！京都〜パリを結ぶ殺意」
第4話 2011年11月10日「能舞台に潜む殺意！白骨の傷に隠された破門の秘密！！」
第5話 2011年11月17日「試された絆！疑惑の狙撃者、矛盾する弾道の秘密！！」
第6話 2011年11月24日「ｖｓ仏像修復師！偽装された傷痕、消えた凶器の秘密！！」
第7話 2011年12月1日「１３年目の鑑定対決！科警研ｖｓ科捜研、偽造紙幣の死角」
第8話 2011年12月8日「隠された発火装置！連続放火、消された指紋の秘密！！」
第9話 2011年12月15日「警察犬ｖｓＤＮＡ鑑定アリバイ崩しの誤算」
第10話 2012年1月26日「１０年目の殺人脅迫状復讐の葬儀！暴かれた最期の罠！！」
第11話 2012年2月2日「連続殺人鬼、空白の１０年の謎！禁じられた科学鑑定！！」
第12話 2012年2月9日「消えた死体！ポリグラフ検査の罠！！ＤＮＡ鑑定の死角」
第13話 2012年2月16日「流された遺体！疑惑の音楽家、楽譜の筆跡が暴く愛憎」
第14話 2012年2月23日「京都老舗殺人事件！味の鑑定…和菓子職人ｖｓ科捜研！！」
第15話 2012年3月1日「マリコ最後の事件へｖｓ過去から来た爆弾魔海から遠い海水成分」
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