老舗和菓子店の４代目店主・笹井幸造（栗塚旭）の撲殺死体が、本店内の作業場で見つかった。致命傷となったのは、頭部にあった２カ所の傷。マリコ（沢口靖子）たち科捜研が分析した結果、前頭部の傷は作業台の一角と一致したが、後頭部に傷をつけた凶器がまったくわからない。
さらに不思議なことに、被害者の爪から採取した微物が、彼が絶対に使用しない合成着色料の成分だと判明。だが、本店では使わないものの、デパート用の和菓子を量産するために開いた工場では合成着色料を採用しているとわかり、土門刑事（内藤剛志）は、工場を一任されている専務の村上洋治（岡田義徳）を怪しむ。しかし、決め手はまるでない。
そんな中、マリコは現場のゴミ箱に捨てられていた、和菓子の"失敗作"に注目。そこに殺人の動機が隠されているのではないかと考え、分析を開始するが…!?
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