川岸で男性の水死体が発見された。マリコ（沢口靖子）の検視や早月（若村麻由美）の司法解剖により、死因は溺死ではなく頭部に受けた傷であることが判明するが、被害者の名前を聞いた科捜研所長・日野(斉藤暁)は衝撃を受ける。死亡した五十畑収吾（羽場裕一）は"科警研"所属のインク鑑定の権威で、かつて日野が警視庁の科捜研に在籍していた頃、共に鑑定に当たったことのある仲間だったのだ。
そんな中、五十畑が京都駅のロッカーに偽１万円札を隠していたことがわかる。その矢先、京都を中心に偽札が次々と見つかった。警視庁は、五十畑が偽造紙幣造りに関与していたのではないかと疑いはじめて…!?
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