暴力団の元組員・田村圭吾（青木伸輔）が早朝のジョギング中に左胸を撃たれて殺害された。現場で発見された弾丸をマリコ（沢口靖子）たち科捜研が調べたところ、凶器は猟銃としても使用されている小型ライフル銃と判明。奇妙なことに、３発の銃声が聞こえたという証言が多かったが、弾丸は１発しか見つからなかった。残り２発の弾はいったいどこに消えたのか…!?
まもなく、マリコたちは犯人が付近のビル屋上から発砲したことを特定。その屋上から覚せい剤が見つかり、組織犯罪対策課の刑事・井坂亮（海東健）は覚せい剤密売にからんだ事件だと断定する。
だが、田村が３カ月前に生命保険に加入していたことも発覚。死亡保険金の受取人に指定されていた別居中の妻・香織（東風万智子）は何も知らないと話すが…。
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