ファンと名乗る何者かによって白い部屋に拉致され、過去の事件を思い出させる仕掛けに挑んできた工藤新一（溝端淳平）。新一は一緒に拉致された毛利蘭（忽那汐里）にお前が犯人だと言い放つ。蘭がそれを認め、何か言おうとした時、２人の間にガラスの間仕切りが降りてくる。蘭の携帯電話は間仕切りに当たってはじき飛ばされ、２人は間仕切りによって離れ離れに。部屋には白いガスが注入され、２人の意識は遠のいていく。
新一は高木渉刑事（土屋裕一）に声をかけられて目を覚ます。近くに横たわる蘭は監察医や警官に囲まれ、新一は蘭に何かあったと察する。監察医の平田はじめ（野村宏伸）は蘭が絶命しており、解剖して死因を特定すると佐藤美和子刑事（上野なつひ）に告げる。
平田は自分の事を覚えているかと新一に訊ね、現場で以前会った事を伝える。新一は平田の質問を無視して、蘭に駆け寄ろうとする。だが、新一は高木刑事に羽交い締めにされ、警察署の取調室へと連行される。
新一は蘭が殺害された事件の重要参考人になっていた。新一は自分たちが倒れていた現場に不審な点がなかったかを確認。佐藤刑事は蘭が倒れていた地面だけ少し濡れていたと伝える。新一は急に気分が悪くなり、高木刑事に付き添われてトイレへ向かう。トイレの個室に入った新一はティッシュを取ろうとしてポケットを探り、１枚のメモに気付く。そこには「がっかりだな、名探偵。現場に大切なものを忘れているぞ」と書かれていた。
新一はトイレの個室の窓から逃走し、路上で鈴木園子（秋元才加）と偶然会う。新一は警察に追われていると事情を説明し、園子に自分が倒れていた現場まで送り届けてもらう。その時、毛利小五郎（陣内孝則）が現場にやってくる。新一らと一緒に白い部屋に拉致された小五郞はいつの間にか気を失い、気付くと公園のベンチで寝ていたという。小五郞は蘭が死んだ事を受け入れる事ができない。
新一は現場で冷たくなった蘭の携帯を発見する。新一は白い部屋の間仕切りのガラスが曇っていた事、蘭が倒れていた地面だけ少し濡れていた事を思い出し、蘭は急速冷凍されたと推理。新一は小五郞に蘭が生きているかも知れないと教える。急速冷凍によって仮死状態になった人間は解凍すれば生き返るケースがあるのだ。その時、蘭の携帯に着信が入る。画面には真犯人と表示されていた。
新一が電話に出ると、犯人は１時間後に蘭の司法解剖が行われると伝えて電話を切る。蘭を生き返らせるタイムリミットは１時間しか残されていなかった。新一と小五郞は変装して蘭がいる警察署へと侵入し、死体安置所に向かう。
２人は蘭が横たわる棺桶を開けようとするが、棺桶はロックがかかり、白い部屋と同じパネルが設置されていた。新一はパネルに浮かび上がった日付に見覚えがあった。それは宅配便会社の冷凍倉庫で殺人事件が起きた日だった。新一はこの事件に関連するキーワードをいくつか入力するが、全て間違っていた。最後に新一は事件に関係する人物の名前を入力。棺桶をあける事はできたが、蘭の腹部にはメスが突き刺さっていて…。
果たして新一は、白い部屋に拉致した真犯人を突き止め、蘭を救うことが出来るのか？
第1話 2011年7月7日「コナンになる前の高校生探偵が、不倫殺人の謎を暴く!」
第2話 2011年7月14日「生放送で起きた密室殺人!超能力者の呪われた秘密を暴け」
第3話 2011年7月21日「密室法廷で起きた殺人事件!ホステス殺害トリックを暴け」
第4話 2011年7月28日「完全犯罪!結婚式で殺人予告、密室毒殺トリックの謎を暴け!」
第5話 2011年8月4日「記憶を消した女優の華麗なる殺人トリック避暑地での完全犯罪」
第6話 2011年8月11日「美女20人の華麗なる殺しのキス!殺人方程式に隠された殺意!」
第7話 2011年8月18日「血ぬられた骨肉の遺産相続殺人!誘拐トリックのナゾを暴け!」
第8話 2011年8月25日「女の意地、痴漢犯への復讐!監視カメラに秘めた殺人トリック」
第9話 2011年9月1日「服部平次と密室殺人見えない凶器のナゾ!東西探偵推理バトル」
第10話 2011年9月8日「200キロを瞬間移動した死体の謎!悪女の完全犯罪計画を暴け」
第11話 2011年9月15日「キスは殺しの理由、20年後の復讐殺人!完璧なアリバイの謎」
第12話 2011年9月22日「私が殺しました!3人の単独犯?偽装殺人の謎を暴け!」
名探偵コナン 工藤新一への挑戦状 TOPへ
各話視聴率へ
2011年夏ドラマ（7-9月）TOPへ
『名探偵コナン 工藤新一への挑戦状 第13話（最終話）』の上へ
