桜木泉（上戸彩）ら捜査員の監視の目が光る喫茶店で、畑山昭子（堀内敬子）は一瞬の隙をついて木幡雄一（ユースケ・サンタマリア）からトイレに行くように指示を受ける。事前の検査と泉の立ち会いのもとトイレに行った畑山は、個室の備品入れに隠してあった携帯電話と小型ナイフを取り、メールを確認。メールには裏口から出れば逃がせると木幡からの伝言が届いていた。
同じ頃、木幡は電話で川島智裕（中村倫也）をトイレから続く裏口付近で待機するように指示を出していた。畑山は捜査員にナイフを突きつけ裏口へ向かう。裏口で待機中だった捜査員は、川島が現れたと同時に裏口から畑山が出てきたこと、さらに慌てた川島が発砲したことで混乱。その混乱に乗じて畑山は姿を消し、川島も逃がしてしまう。
畑山は木幡に電話で２人の間に生まれた子供のへその緒があると告げ、逃走用のＩＤと交換したいと取り引きを持ちかける。木幡はとあるビルの駐車場で待ち合わせの指示すると、川島にその場所へ行くように連絡を入れた。畑山が駐車場に来ると川島が現れ、銃を突きつけてへその緒を渡すように言うが、畑山は拒否。
すると川島は畑山を撃ち、へその緒を奪って、木幡の指示した場所で逃走用ＩＤと入れ替えて逃走。しかし、逃げた畑山を追ってビル駐車場近くの道にいた瀧河信次郎（桐谷健太）により逮捕される。
一方、泉は畑山のもとへ。すでに虫の息の畑山は泉に木幡がカフェにいたことを告げると息絶えてしまった。捜査本部から無線で状況を聞かれた泉は、木幡を騙すために畑山は生きていて、逃げられたと嘘をつく。
捜査班は木幡が仕掛けてきた盗聴器から偽の情報を流し、盗聴器を壊すと、畑山の最後の証言をもとに喫茶店にいた客の映像から木幡を探すことに。木幡の人相を確認し、畑山の持っていた鍵でコインロッカーにあった母子手帳を押収。手帳から子供が死産であったことがわかり、不明とある父親が木幡であると予想をする泉。
柴崎大臣（丹波義隆）の監禁姿が新たな映像に更新され、背後に映っている映像の分析をした結果、ある廃工場だとわかった。ＳＩＴが駆けつけ突入するが、すでに大臣はおらず犯人グループは奥の部屋に立てこもってしまう。
犯人グループは、立てこもりながらも、犯行理由であるガスプラントが有害であるという証拠がみつけられないことや情報源だった男と連絡がとれないこと、大臣を武装した人間に奪われたことで狼狽していた。現場に向かった高峰涼子（山口紗弥加）は、扉越しに木幡に情報で操られていたことを訴えるが、犯人たちは自らの命を張ってでもガスプラントの危険性を訴えると言い出した。
サミット開催まで30時間となり、木幡を見つける方法を必死に考える捜査班。すると、泉は木幡が、子供が死産であったことを知らないと踏んで、畑山になりすまして偽情報で呼び出す方法を提案する。畑山の携帯電話を使い、木幡に取り引きをしようとメールを送る泉。何度かのやり取りの末、木幡が待ち合わせを指定してきた。
待ち合わせ時間が近づくと、付近には顔をすっぱり隠す白マスクをかぶった人間が続々と現れた。木幡が仕掛けたもので、現場は騒然となり捜査員も混乱するが、泉はその中で木幡らしき人物を発見。
近寄ろうとすると、それに気付いた木幡が近くにいた男に小声で指示を出して、自分は逃げ出した。その男はナイフで泉に襲いかかるが、とっさに瀧河が間に入った。刺された瀧河は、泉に木幡を追うように指示。
ためらいながらも自分を奮い立たせて木幡を追いかける泉は、木幡を追跡しながら周辺の捜査員たちに指示を出して追い詰め、木幡をつかまえることに成功した。木幡の自供で柴崎大臣の監禁場所も判明し、同時に瀧河の傷は命にかかわるものじゃないと知り、安堵する泉ら捜査班一同。
一方、廃工場に立てこもっていた誘拐犯グループにも、木幡が渡した情報は調査結果の一部でありガスプラントが有害かは立証できないことと大臣が無事に救出されたことが告げられた。
木幡は素直に取り調べに応じるものの、罪の意識はなく、自分は誰も殺してないし、何も奪っていないから刑期は短いはずだと平然と言う。罪を犯せば何度でも捕まえるという長嶋秀夫（北大路欣也）の言葉にも笑顔を返す木幡。
泉が、長嶋に刑事を辞めた瀧河の家を訪ねた話をしていると、長嶋からある提案があった。それは新たに配属になる刑事・山内徹（横山裕）の教育係だった。山内に指導する泉は、瀧河そっくりで…。
絶対零度〜未解決事件特命捜査〜Special 2011年7月8日「悲劇の夫婦に悪魔の囁き〜産婦人科医師の死の裏に14年前の女性殺人事件と臓器売買〜時を越えた父の祈りと母の後悔〜真実を知る時、最大の未解決と衝撃の殉職が!?」
第1話 2011年7月12日「特殊犯罪潜入捜査〜走り出せ!のろまなカメ」
第2話 2011年7月19日「特殊犯罪潜入捜査〜決断」
第3話 2011年7月26日「特殊犯罪潜入捜査〜誠意の嘘」
第4話 2011年8月2日「特殊犯罪潜入捜査〜刑事失格」
第5話 2011年8月9日「特殊犯罪潜入捜査〜無の殺意」
第6話 2011年8月16日「特殊犯罪潜入捜査〜3つの嘘」
第7話 2011年8月23日「特殊犯罪潜入捜査〜偽りの街」
第8話 2011年8月30日「特殊犯罪潜入捜査〜敵、現る」
第9話 2011年9月6日「特殊犯罪潜入捜査〜真の敵は」
第10話 2011年9月13日「特殊犯罪潜入捜査〜対決の罠」
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