桜木泉（上戸彩）と話したいと畑山昭子（堀内敬子）が自首してきた。泉は八王子事件をはじめ塚本射殺事件などの逮捕起訴の手続きをとることを告げるが、畑山は不敵な笑みを浮かべ犯行を否定する。
畑山は戸籍上では死亡していることがわかり、捜査班は畑山の正体と同時に出頭してきた理由を探り始める。畑山は泉の問いかけには答えず、大学院生の川島智裕（中村倫也）を調べることと、自分の所持品の手帳を読み込むことを指示。その後にテストをして、答えられれば柴崎大臣（丹波義隆）誘拐事件のヒントを与えると告げる。
川島は、木幡雄一（ユースケ・サンタマリア）からの電話で畑山を取り逃したことを責められ、もう一度チャンスを欲しいと訴える。
誘拐犯は、柴崎が監禁されている映像をネットに流し、柴崎を通して世界エネルギーサミット開催日に柴崎と関係者の犯罪行為を明らかにすることが目的であることを告げる。誘拐犯が柴崎大臣の秘書・関根素子（大谷英子）の兄・邦広（木下政治）であることがわかっているものの、それ以上の情報がなく焦る捜査班。
そんな中、川島の身元が判明。川島はコンピューターの知識に精通している大学院生で、荒木の殺害現場にいたことがわかったが姿を消していた。
同時に、畑山の手帳やこれまでの行動を調べた結果、犯人像とは一致しないことがわかった。
畑山は、泉の口から別に犯人がいる可能性が高いことを言わせると、すべての事件を操っている男は木幡だと告げ、自分は戸籍をはじめとするデータで管理されているものを全部奪われた被害者だと訴えた。
木幡の手下である川島に命を狙われ、逃げるための自首であることを明かすと、自分の指示通り動けば木幡が捕まえられるともちかける。木幡と誘拐犯を捕まえるため畑山を利用することになり、これまでの捜査資料を畑山に開示すると、木幡は人の弱みをつくような情報操作を行い、人に犯罪を犯させていたことを説明。誘拐も大臣が10年前に地元に建設したリジンガスプラントが絡んでいる可能性が高いことがわかった。
素子と入院中の母親の会話で気になる発言があり、泉と瀧河信次郎（桐谷健太）は母親に接触。１カ月前、邦広に母親の病気である肺炎がリジンガスプラントだと情報を流した人物がいることを聞き出した。泉らも調べてみるが、確かにリジンガスプラントの噂はあり、邦広の誘拐目的が判明した。
やがて、素子が柴崎のパソコンを持ち出した。邦広と接触するチャンスと意気込む捜査班に、畑山は木幡が情報操作のプロであることを忠告する。邦広はバイクで現れ素子からパソコンを受け取ると、木幡の巧みな信号捜査で捜査班の追跡を振り切り逃げて行った。
木幡は警視庁のメンテナンス部と身分を偽り、警察内に潜入。パソコン修理の振りをして再び警察内部の情報を入手していく。一方、捜査班が川島の足取りを追う中である喫茶店の防犯カメラに映っている姿を発見した。その写真を畑山に見せると、一瞬顔が曇り、この喫茶店に自分を連れて行けば木幡を捕まえることができると言い出した。
捜査班は木幡の顔を知っているのは畑山しかいないこと、木幡を捕まえなければ誘拐事件も解決できないことを考え、畑山の提案を飲むことにする。木幡と誘拐犯の同時捕捉を狙って準備が進む中、瀧河は目に病気を抱えていることを捜査員の前で告白した。この事件を最後に引退すると告げる瀧河に言葉を失う一同。
サミット開催２日前になり、作戦が実行された。喫茶店には泉と畑山のほか、瀧河なども離れた席で待機する。一方、素子を追い続けていた班は、素子が邦広に渡したパソコンに忍ばせたＧＰＳをたどって廃ビルに向かっていることをつかんだ。捜査の対象ビルであったことから、捜査員も廃ビルに急行することに。
喫茶店でおもむろに自分が罠を仕掛けた可能性をほのめかす畑山に、泉は畑山の本名から生い立ちまですべて調べ上げたことを告げる。畑山は看護師時代に乳児死亡事故の責任を押し付けられ、絶望の中で木幡と会ったことを告白する。
竹林匠（木村了）が監禁されている柴崎の映像が録画であることを突き止めると同時に、素子はＧＰＳだけを残しもぬけの殻となった廃ビルで立ち尽くす。無線も傍受されている様子もなく情報が漏れていることに驚く捜査班。そして、喫茶店に木幡が現れた。しかし、畑山が証言した似顔絵がまったく別人であるため、泉や瀧河ら捜査員は誰も気づかず…。
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