桜木泉（上戸彩）に銃口を突き付けた畑山昭子（堀内敬子）だが、引き金を引く直前で視線が逸れ、慌てた様子で走り去った。捜査班は、畑山がＩＤなどを偽造できる技術を持っていながら海外逃亡することもなく都内に潜伏している理由を探ろうとする。
外務大臣の柴崎順一（丹波義隆）の娘・真結（藤村聖子）の誘拐事件が発生。犯人から身代金３億円の要求があったものの、数日後に開催される世界エネルギーサミットとの関連も考えられ、捜査班が極秘で捜査を進めることに。長嶋秀夫（北大路欣也）、倉田工（杉本哲太）、高峰涼子（山口紗弥加）らが柴崎邸に入ると犯人から電話がかかってきた。犯人は翌日正午までに金を用意するように指示し、メールで拘束された真結の映像を送ってきた。
そんな中、柴崎の秘書・関根素子（大谷英子）が外出の準備を始める。高峰が関根の言動に不信さを感じていたため、捜査員に追跡を指示する長嶋。分析班で捜査員同士の無線のやりとりを聞いていた竹林匠（木村了）は、無線に異変を感じていた。同じ頃、ネットカフェにいた畑山は「すべて順調です」と、木幡雄一（ユースケ・サンタマリア）にメールを送っていた。木幡は「これからです」と返事を送る一方で、柴崎邸付近の監視カメラに捜査員の姿を発見していた。
素子が柴崎の事務所に入ったのを確認した泉と瀧河信次郎（桐谷健太）は、５年前に選挙活動を手伝ったアルバイトと偽り事務所に潜入。監視カメラや集音器を設置する。設置中、視野に異変を感じた瀧河は監視カメラを落とすも泉の機転で難を逃れた。監視カメラの映像から、素子が警察の捜査資料をフリージャーナリストで10日前から行方をくらませている兄に送っていることが判明した。
柴崎のもとに犯人から電話が入った。動画サイトに木幡が発見した捜査員の映像がプロフィールと共に公開されていることを責め、身代金受け渡しを２時間後に指定、柴崎１人でお金を運ぶように指示を出す。状況の悪化を踏まえ、素子を利用して犯人に罠を仕掛けることになり、倉田は偽の警備配置図を捜査員たちに配布する。配置図には各地区に手薄になる部分を作ってあり、実はそこに捜査員を多めに配置していた。そうとは知らない素子は捜査員の目を盗み配置図をコピーし、迷いながらも兄に送付。
指定時間になり、柴崎は無線やＧＰＳを忍ばせつつ身代金を持って指定場所に行く。すると犯人から再び連絡があり、無線やＧＰＳを外し、携帯を変えるように指示が出た。さらに場所も変更され動き出す柴崎。連絡が取れなくなり懸命に追いかける捜査員たちだが巧みに振り切られていく。やがて、泉と瀧河が柴崎の車を発見。場所を無線で知らせるが、その無線の会話を盗聴していた木幡は、犯人に他の捜査員が合流する前の10分間で取引を終了させるように連絡する。
とある倉庫跡地で身代金の受け渡しが始まった。泉と瀧河は左右にわかれ、応援を待ちながら取り引きをみつめる。そんな中、泉は窓の外に畑山の姿を発見するが動けないでいた。現場では金を受け取った犯人が柴崎を車に連れ込み、さらに真結をも連れ込もうとした。とっさに泉が飛び出すと犯人は発砲してきたが弾は外れ、犯人は逃げて行った。かろうじて真結は救えたものの、身代金は奪われ、柴崎は誘拐され、犯人も畑山も逃がしてしまった。
しばらくして、柴崎のパソコンにメールが届いた。「これが、始まりだ」の文章とともに、動画サイトに柴崎が拘束、監禁されている姿がアップされた。アクセス数は膨大な数になり、苛立ちを隠せない捜査班。
木幡に呼び出された畑山は、木幡に指示でやってきた川島智裕（中村倫也）に銃口を向けられるが、「私はあなたの実態を握っている」という木幡への伝言を残し走り去った。
夜、泉は最近様子がおかしい瀧河に体調を問いただしていた。瀧河は心配されるようなことはないと否定するも、長嶋には捜査から外して欲しいと訴えた。長嶋は自分の目が使えなくなった時は泉の目を使えと言い、この事件を解決するように指示する。その矢先、深沢ユウキ（丸山智己）から泉に電話が入る。畑山が自首してきて、桜木としか話さないと言っていると言い…。
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