北山（尾美としのり）の自殺計画を暴かれた宇佐見（福士誠治）は田口（伊藤淳史）を撃って逃走。翌朝、白鳥（仲村トオル）は、弾丸が田口の肩を貫通していたと聞き、北山の事件に残された謎に気づく。“なぜ、北山を撃った弾丸は貫通しなかったのか？”
一方、容疑が晴れた島津（安田顕）はようやく開放されることに。島津は「警察が無実の人間に頭を下げる日」と斑鳩（高橋克典）に意味深に告げると、「俺にも頭を下げろ」と謝罪を要求。それを見た斑鳩の脳裏にある疑惑が浮かぶ。
まもなく、20年前の松崎事件の判決が出た。犯人とされていた松崎行雄（六平直政）はやはり“無罪”。しかし、警察の謝罪が求められる中、記者会見で斑鳩は、事件の捜査責任者だった北山が、誤ったDNA鑑定を信じたことを苦に命を絶ったと発表。記者たちの同情を誘い、警察への追及をかわす。
数日後、東城医大では職場復帰した島津が縦型MRIで田口の画像を撮影し、脳には異常なしと判明。その画像を見た白鳥は、田口に「北山の殺害にはもう一人共犯者がいる」と告げる。しかし、動機がわからない、と。
翌日、久々に開かれたAiセンター運営会議の席で、斑鳩は、島津の意外な正体を暴露した。島津は冤罪被害者・松崎の息子だったのだ。父親を陥れた北山を死なせるため、自殺計画にわざとのったんだと突き付ける斑鳩。「ようやく動機が判明した」と、白鳥は弾丸が貫通しなかった理由を語り始める。事件当時、MRIの磁場中心は通常より下の位置に設定されていた。そのため弾丸は加速せず、貫通を免れた。それは即ち、弾丸が直撃して縦型MRIが爆発するのを避けるためだ。そんな巧妙な磁場調整を行える人物は、島津以外にあり得ない、と。
島津はすべてを打ち明けた。父親を陥れた北山を恨んでいた島津は、友野（矢柴俊博）の残した録音ファイルから北山の自殺計画を知り、あえて計画に乗ろうと決意。大事な縦型MRIを守るため、故意に磁場を調節したのだった。
その夜、斑鳩のもとに逃亡中の宇佐見から電話が。「松崎が犯人じゃないなら、一体誰が20年前女子高生を殺したんですか」と訴える宇佐見。すると斑鳩は答えた。「お前の言う通り、事件は終わってなんかいない。俺たちは北山さんの遺志を引き継ぐべきだ。そうだろ、宇佐見？」
その数日後、女子高生が川原の土手で何者かに襲われ…。
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