桜木泉（上戸彩）、瀧河信次郎（桐谷健太）ら捜査員たちが分析班で集まっていると、深沢ユウキ（丸山智己）がやってきた。深沢は竹林匠（木村了）の元へ向かうと、連続殺人事件の容疑で同行をうながす。
ここ２カ月、都内各所で女性ばかりを狙った猟奇殺人事件が立て続けに発生していた。４件目となった今回は被害者の爪から皮膚片が採取され、指紋とＤＮＡが竹林のものと一致したのだ。偽装工作の可能性はないという結果が出ていて、長嶋秀夫（北大路欣也）も同席し、深沢による竹林の事情聴取が始まる。家宅捜索の結果、犯行に使われたものと同じ包丁や糸が、そして猟奇犯罪に関する本やＤＶＤが発見された。アリバイも、証言した場所の監視カメラには竹林は映っておらず、ますます窮地に追い込まれていく。
竹林に不利な状況が続く中、桜木たちは無実を信じて真犯人を探すことに。２か月前、誰かにつけられていたという竹林の言葉を基に、その男を特定しようと聞き込みを始めた。やがて、その男が巨大ネットショッピングサイトの会社員で、そのサイトは竹林や全被害者が会員であったことがわかった。竹林の逮捕を止めることができるのは残り４日間となり、泉と瀧河はネット会社に潜入捜査を始める。
オペレーターとして働き始め、瀧河は詳しい個人情報は別階にあるサーバールームでしか見られず、その部屋は主任以上で声紋登録された人物しか入れないことを突き止めた。泉は女子社員がある顧客を"ＣＴ"と呼び、電話を主任の荒木貴則（岡田義徳）と森下賢治（村杉蝉之介）に回していることに気付く。
アリバイが成立しないうえに、公共交通機関のＩＣカードの履歴が被害者のものと一致するという新たな証拠も重なり、自暴自棄になりつつある竹林。泉と瀧河は、森下の声を入手しサーバールームに潜入。
被害者たちの顧客データとログを調べていく中で、全員の備考欄に危険なクレーマーを意味する"ＣＴ クレームテロ"の文字を発見する。高峰涼子（山口紗弥加）は、口を縫い、のどを切り裂く殺害手口と合わせて考慮し"声"がポイントと予測。被害者遺族からホームビデオなどを借りて生前の声を分析したところ４人の声紋は酷似していたことがわかり、その４人からクレームが来るように意図的に間違った商品が届くようになっていたことも発覚。
容疑者はＣＴの対応する荒木と森下に絞られた。白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）の声を機械で被害者の声紋に似させて、荒木と森下にクレーム電話を執拗に入れ続けると、やがて荒木が動き出した。
荒木は会社を休むと、会社で仕入れた個人情報からクレーマーの女性の職場である映画館に向かった。クレーマーに扮している猪原恵美（峯村リエ）の声と名札の名前を確認し、満足げな荒木。一方、捜査班は荒木の一年前に他界した元教師で厳しかった母親と被害者たちの声の波形が一致したことを突き止めていた。
各所を捜査員が見張る中、帰宅する猪原の後をつけ始める荒木。その途中、荒木の携帯に何者かから電話が入る。「指図される覚えはない。手は借りなくていい」という言葉を聞き、犯行に手を貸している人間がいることを察する捜査班。同じ頃、大森紗英（北川弘美）が、竹林のアリバイが立証できなかった防犯カメラの映像が１時間前の映像と入れ替わっていたことを突き止めた。ほかの証拠もデータ改ざんによるものが多いと気付き、泉は荒木の車の取っ手から指紋を採取し分析班に送る。
分析の結果、指紋は竹林のデータと一致。竹林のデータが荒木のものになっていることがわかり、竹林の無実が証明された。そんな中、電話を切った荒木が急に別方向に走り出した。慌てて追いかけるが、銃声がして荒木は殺害された。泉は走り去る畑山らしき姿を見かけるが、視野狭窄の症状で瀧河にはその姿が見えなかった。泉の目撃証言に従い、畑山を追って２方向に分かれた２人。泉は畑山を見つけるが、いつの間にか背後に回られてしまい銃口を突き付けられ…。
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