東城医大のＭＲＩ室で北山（尾美としのり）の他殺体が発見され、そばに拳銃を手にした島津（安田顕）が倒れていた。第一発見者の宇佐見（福士誠治）は、島津が発砲してきたため気絶させたと証言。北山殺しは収賄疑惑を追及された末の犯行に違いないと断言する。
白鳥（仲村トオル）は、友野（矢柴俊博）に続き収賄絡みで島津が連続殺人を犯した可能性があると告げ、田口（伊藤淳史）をがく然とさせる。そんな中、斑鳩（高橋克典）が解剖の担当医に笹井（小西真奈美）を指名。２人が何かを隠そうとしているとにらんだ白鳥は、解剖前の遺体を密かに運び出してＡｉを決行するが、島津の疑いを晴らす証拠は見つからなかった。
事件が明るみになれば、東城医大は存続の危機を免れない。田口らは最大のピンチに身構えるが、翌朝、事件がマスコミに報じられることはなかった。斑鳩が警察の情報をコントロールし、故意に事件を隠蔽したのだ。
田口と白鳥が解剖室に乗り込むと、そこには斑鳩の姿が。白鳥が笹井との関係を追及するが、斑鳩は恋人だとあっさり告白。解剖でも、笹井の手が一瞬止まったかに見えたものの、結果は警察の推定通り、銃弾による頭蓋内損傷による死だった。
まだ島津の犯行だと信じられない田口は斑鳩に訴え、島津逮捕まで３日間の猶予を取り付ける。早速、事件の再調査を開始する２人。すると、２人はある事実に気づく。銃弾が誤ってＭＲＩに当たれば、内部にあったヘリウムが急激に気化し、爆発が起こる。その危険を知っているはずの島津がＭＲI室で発砲などするはずがないのだ。よくよく振り返れば、一発目の銃声がした時、北山が撃たれる現場を見ている者は誰もいない。
一方、事件を報道させない斑鳩にしびれを切らした宇佐見は須賀（市川知宏）に接近。斑鳩が笹井を利用していると吹きこみ、解剖所見を自分に流すよう言い含め…。
そんな中、田口と白鳥は斑鳩が事件を隠そうとした理由に気づく。斑鳩が２人に猶予を与えた３日後とは、ＤＮＡ鑑定ミスで冤罪を招いた20年前の「松崎事件」の再審判決の日だったのだ。斑鳩はその日に島津逮捕というスキャンダルをぶつけ、警察の失態報道を抑え込もうとしたのだった。
さらに２人は衝撃的な事実を知る。当時、ＤＮＡ鑑定を担当した法医学教授は冤罪を招いたことを苦に自殺。その教授の娘こそ笹井であり、また、教授の反対を押し切り、２０年前逮捕に踏み切ったのが北山だったのだ。だとすれば、笹井が、父親を自殺に追い込んだ北山を恨んでいてもおかしくはないではないか――？
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