都内各地で犯罪がたて続けに起こっていることから、桜木泉（上戸彩）や瀧河信次郎（桐谷健太）らは科学警察研究所・犯罪予防研究室の前島誠司（高杉亘）による、犯罪が起こりやすい場所についての講義を聞いていた。前島の研究によると、犯罪が起こる場所は遮蔽物がある、人気がない、見通しが悪いなどの共通点があった。
調べた結果、３カ月内に都内各所で起こった事件は前島が犯罪多発地点と指定した場所だけ多発していた。前島は研究の傍ら地域住民とボランティアで手作り防犯マップを作成する活動もしているが、その防犯マップの"危険度５"と犯罪場所が重なるため、活動に参加している人間が犯人である可能性が出てきた。さらに犯行現場付近の防犯カメラの映像から、同じ偽造ナンバーの車に乗っている40代男性が映っていたこともわかった。
防犯マップ作成会場に泉と白石晋太郎（中原丈雄）はスタッフとして、高峰涼子（山口紗弥加）は娘の詩織（毛利恋子）と活動に参加。観察するうちに、スタッフの１人でスーパーの店長である梶田真之（松林慎司）が怪しいとにらむ。一方、純粋に参加している詩織は積極的に前島とマップ作りに励んでいた。
そんな中、梶田が資料のコピーを会場の外へ持ち出した。コンビニで宅配便を送ろうとしている梶田に近づいた瀧河は宛先を盗み見して、すぐに調べるように分析班に連絡。宛先は土地の有効利用をコンサルティングする都市開発デザイン研究所という会社だった。その会社の社長・窪田修輔（若林宏二）が防犯カメラに映っていた男であることがわかり、瀧河と磯村亮平（小林高鹿）は客を装い潜入する。その後、梶田が政治家の秘書と会っていることやギャンブルで作った多額の借金があること、梶田と防犯カメラに映っていた男にも借金があることがわかった。
ある夜、世田谷の"危険度５"の場所でホームレスの男が警棒のようなもので殴打される事件が起こった。調べてみると都内だけでも過去２件同じような事件が起こっていて、手口から同一犯である可能性が高く、そのうち１件の現場周辺の防犯カメラに車に乗った窪田が映っていた。
防犯マップ作りで班ごとに分かれて街調査をしていると、細い路地へ入ったところで詩織と一緒にいた前島が急に倒れた。泉が慌てて駆けつけ病院へ運ばれるが、目を覚ました前島は自分が倒れた自覚はなかった。高峰から"危険度５"の場所で警棒殴打事件が起こっているのを聞き、苛立ちと焦りを募らせる前島。
捜査の末、事件が多発している場所の周辺は都市再開発計画があがっていて、いずれも土地の売却を拒否している地主がいることがわかった。さらに１件目の警棒殴打事件の被害者である男が、窪田に金で頼まれ児童連れ去りをもくろんでいたところを何者かに襲われたことを証言した。
被害者が窪田の手下であることがわかり、一連の事件が犯罪を起こすことで地域住民の不安をあおる新手の地上げと判明。そんな中、警棒殴打事件の現場に来ていた泉は、前島が倒れた路地と景観が似ていることに驚き分析班に現場写真を送る。その状況と前島が倒れた状況を聞いた高峰は、前島を調べるように要請した。
前島が病院から姿を消した。捜査員らは再び事件が起こると予測し、世田谷の"危険度５"の路地を回る。合流した泉は、前島が６歳の頃に入り組んだ路地で目の前で姉を殺されていたことを知る。前島は、入り組んだ路地、目の前の子ども、さらにその場に居合わせる男性という３つの条件が重なると一時的に過去の追体験が始まり、姉を救うために警棒で男を襲っていたのだ。
同じ頃、窪田たちが動き出した。世田谷方面に向かっていることを知り、条件から事件を起こすであろう場所を絞り込むと周辺にカメラを設置し、現行犯逮捕を狙う。すると、カメラの映像に詩織が現れた。驚き、慌てて現場へ走る高峰。犯人が詩織を襲おうとした直前、前島が警棒で男を殴打した。意識が混沌としている前島は現場に駆けつけた瀧河をも殴ろうとするが、瀧河はそれをよけ前島を投げ飛ばした。そのまま気絶する前島。
警察に保護された詩織は、高峰の仕事が少しでも楽になればと防犯マップを仕上げようと現場に来たと告白。やがて、現場に来ていた救急車の中で前島が目を覚ました。何も覚えていない前島に、高峰は一連の事件が解決したことを告げた。素直に喜ぶ前島の姿に涙をこらえる高峰。
窪田が起こしていた事件も解決、押収したパソコンからつながっていた政治家の逮捕までこぎつけた。事件はすべて解決したはずだったが、深沢ユウキ（丸山智己）からの報告で窪田の手下となった男たちには"突然、貯金がなくなったから借金を抱えた"という共通点があることが判明した。事件は解決したものの、また謎が残り…。
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