桜木泉（上戸彩）や瀧河信次郎（桐谷健太）らに新しい捜査指令が出る。名門小学校・教応学園の児童3人がここ2か月の間に何者かに連れ去られるのを目撃したという通報があったが、いずれも保護者からの通報がなく、学校側も全員の無事を確認しているという事件だ。12年前、教応学園の児童が誘拐され、捜査員のミスで児童が殺害された事件があったことから学校側が隠していることも考えられ、誘拐事件の有無の確認をとることに。
捜査班は目撃情報付近の防犯カメラ映像に児童の大塚則人（青山和也）が連れ去られる様子が映っていたことから誘拐事件があったと確信し、捜査を始める。倉田工（杉本哲太）と高峰涼子（山口紗弥加）が学校に行き、教頭の氏家嘉子（七瀬なつみ）に話を聞くが、氏家は誘拐事件の存在を否定。名簿の貸し出しも拒否する。学校の花壇改装工事があることを知り、泉と白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）がガーデナーとして学園に潜入をした。泉は会議で職員室が空になる時間を見計らい、生徒たちの住所録と２か月分の出席簿をカメラで写して分析班に転送した。
その結果、3人の生徒が1週間休んでいた過去があることが判明。その内の1人が則人だった。深沢ユウキ（丸山智己）も協力し、3人の保護者をあたるも全員かたくなに口を閉ざしていた。さらに、瀧河の捜査で則人の身代金は学校に振り込まれたことがわかった。事件に学校側も絡んでいる可能性が浮上してきた中、泉は則人に接触し、誘拐の事実を知っていることを匂わせつつ、その時の話を聞き出そうとするが氏家が現れたため則人は「僕はいつも1人だから」という言葉だけ残して立ち去ってしまう。
そんな中、児童の三峰浩太が学校を休んだ。セールスを装い自宅に電話しながら様子を探った結果、父親が自宅にいることや電話での切迫した受け答えぶりから誘拐の可能性を感じ、瀧河はすぐに三峰の自宅に向かう。
その後、誘拐の事実を確認するも、浩太の父親が国会議員で経産省の副大臣でもあることから、上層部は依頼のない捜査の中止するように言ってきた。目の前で誘拐が起きているのに捜査できないもどかしさから突き進もうとする捜査員たちに、長嶋秀夫（北大路欣也）は泉たちに捜査続行を指示、保護者の協力を得ないまま事件を解決すると宣言した。
下校しようとする則人を見つけた泉は、高峰の制止を振り切って話しかける。泉は浩太が同じ被害にあっていることを告げ、何か思い出せることを聞いた。則人にとって浩太は自分と話してくれる唯一の友達だからと証言を始める則人。目隠しされた状態の中で誰かが手を握ってくれたと言い、優しさを感じた手は教頭先生だったと思うと話す。同じ頃、氏家が大きなカバンを持って学校から動き出したと連絡が入った。泉、白石、磯村で慌てて追跡を始める。一方、瀧河もどこかへ動き出していた。
下町の工場街まで来た氏家は、とある倉庫の中へ入っていく。追いかけた泉たちが見たのは、印刷工場の人にカバンに入った大量の冊子を見せている氏家の姿だった。身代金の受け渡しではなかったと焦る泉たち。
同じ頃、とある倉庫では、学園長の福井正恵（キムラ緑子）が誘拐犯と接触していた。正恵が身代金の入ったダンボールを差しだすと、そこについてた小さな発信装置で場所を知った捜査員たちが押し入り、犯人２人を逮捕、浩太も無事に保護した。犯人に加担していたのは氏家ではなく、福井だったのだ。
取り調べが進むうち、最初の一件を除いて誘拐を計画したのは犯人ではなく福井であることがわかった。福井は子供に無関心な親が多いことを嘆き、親に子供の大切さに気付いてもらうため実行犯に協力する形でかかわっていたのだ。泉は福井にその考え方は間違っていると告げながらも、余命３カ月を宣告されながらも子供たちを守りたい気持ちから犯罪を犯した福井に胸を痛める。
後日、福井の証言の裏取りをした結果、1度目の誘拐後、福井の元に届いた誘拐をそそのかす手紙は犯人ではなく差出人不明であることがわかった。とある部屋では、何者かがパソコン上にある"教応学園連続誘拐事件"のファイルをゴミ箱に捨てていて…。
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