大澤絵里子（天海祐希）ら「対策室」のメンバーが、あらぬ容疑で逮捕された。野立信次郎（竹野内豊）は、対策室にサミットの警備をさせないための妨害措置だと丹波博久（光石研）に訴えるが、丹波は取り合わない。
しかし、丹波は独断で絵里子らを解放。対策室に戻った絵里子は、田所幸子（長谷川京子）に花形一平（溝端淳平）の所在を聞く。幸子は、花形は高熱のため欠勤したいと話していた、と答える。そして、絵里子の携帯に花形からのメールが届いた。
その後、木元真実（戸田恵梨香）、片桐琢磨（玉山鉄二）、山村啓輔（温水洋一）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）らは、今回の件で、警察全体を動かす大きな力が働いていると確認。２年前、当時の国家公安委員長の黒原健蔵（西田敏行）を狙撃したのも「黒い月」ではなく、警察内部の犯行の可能性が高いと推測した。そして、真実が解読を進めていた情報を公開。そこには、「日本版CIA計画遂行のために」とあり、計画を遂行するトップは、森岡博（大森南朋）だと思われた。「CIA計画」とは、政府にとっての危険人物や危険思想を持った人物を秘密裏に取り締まる計画で、最大の目的は、開かれた政治と情報開示がスローガンの竹岡首相（若林豪）の殺害だと推測。その殺害の場として、竹岡も出席するサミットが選ばれたのだ。
対策室に戻れない絵里子らは、急きょ見つけた倉庫をアジトにした。そこで、黒原理香（成海璃子）が真実に代わり情報を解析。サミット会場内の通風孔に爆弾が仕掛けられていることを突き止めた。サミット会場に侵入した絵里子は、参加者からサミットの目玉が、科学者・西郡（神保悟志）が発表するバイオテクノロジーに関する研究だと聞く。一方、真実は、爆弾解除のため、通風孔へ向かった。
そんななか、野立は、会場で配置に就いていた幸子に、森岡の手下だろう、と切り出した。花形が絵里子に送ったメールがいつもと違うことでピンと来たと言う。さらに、花形の居場所を尋ね、幸子が答えようとしたとき、いつの間にかそこにいた森岡が幸子を銃撃。幸子は、倒れ込みながらも、花形の居場所を明かした。野立から連絡を受けた岩井は、救命措置をされていた花形を見つけ、病院に搬送した。
その頃、サミット会場では、絵里子から状況説明を受けた黒原が、竹岡首相を誘導し逃した。真実は爆弾の解除に成功したが、どういうわけか爆薬はひとりの人間を殺傷できないほどの量だった。
首相は退席したが、サミットでの科学者たちの発表はそのまま行われる、と聞いた絵里子は、何かに引っかかりを感じる。そこへ、理香から、「CIA計画」の資金源がバイオテクノロジーに関連しているようだ、と連絡が入った。絵里子は、森岡らが、「CIA計画」の新たな資金源として、莫大な富を生む可能性のあるバイオテクノロジーを狙っていると直感。西郡の研究を独占するため、西郡を殺害するのではないか。首相を狙ったテロに見せかけて西郡を殺害すれば、首相暗殺に巻き込まれた、と偽装できるのでは、と思い至った。
西郡は、まさに研究発表のため壇上へ上がろうとしていた。そこへ怪しい男が近づく…。絵里子の指示を受けた片桐が、西郡を保護。しかし、西郡はマイクに仕込まれたガスを吸い込み、研究データが入ったUSBメモリも奪われてしまう。さらに、絵里子も何者かによって、手の甲に注射を打たれてしまった。
やがて、男からUSBメモリを受け取った森岡は、会場を後にした。絵里子は野立とともに、西郡が運ばれた病院へと急ぐ。病院には、偶然、花形も搬送されていた。それを聞いた絵里子は、犯人の一味が、花形とともに病院に侵入した可能性があると言う。そこへ、片桐から、森岡の居場所がわかったと連絡が入り、絵里子と野立は急行する。残った真実は、西郡の側に仕掛けられた爆弾を発見。起爆装置を持った男と格闘した末、男を逮捕した。
同じ頃、絵里子と野立は、森岡と対峙していた。森岡は、絵里子と野立が構えた銃を弾き飛ばし、丸腰になったふたりに銃を向けた。すると、絵里子は、野立が持っていた別の銃を引き抜き森岡の肩を撃ち、倒れた森岡を逮捕した。
しかし、次の瞬間、今度は絵里子が倒れ込んだ。病院に搬送された絵里子は、R4ウィルスという病原菌を打たれていたことが判明。ところが、足元がふらつくなか、絵里子は、黒原を訪ねてホテルにやって来る。そして、黒原を見つけると「あなた、だったんですね」と声をかけた。黒原の手元には、USBメモリがあった。森岡が持っていたのは偽物だったのだ。黒原は、国家の将来を案じ、大義のために「CIA計画」を立てたと言う。黒原はその正当性を主張したが、絵里子は、ただの犯罪だと断じた。そして、黒原が首謀者だと自分に知らせたのは、理香だった、と告げた。
その後、絵里子にはワクチンが打たれ、野立らが回復を見守った。やがて、幸子も復調、花形は真実に付き添われリハビリをはじめた。アメリカに戻ることになった理香を見送ったのは、山村と岩井だった。片桐は、街中で女性に声をかける"修業"をはじめ、野立は、絵里子と森岡と撮った写真を眺めていた。
そして、見事に回復した絵里子は空港にいた。そこで、男性（津川雅彦）に声をかけられると、スッと敬礼して見せた。その表情は清々しく…。
第1話 2011年4月14日「最強女刑事が帰ってきた」
第2話 2011年4月21日「絶対死なせない!」
第3話 2011年5月5日「悲しき暴力の連鎖」
第4話 2011年5月12日「羊たちの反撃!」
第5話 2011年5月19日「節約殺人レシピ」
第6話 2011年5月26日「消えた銀行強盗」
第7話 2011年6月2日「かなりヤバい事件」
第8話 2011年6月9日「美しすぎる死体…」
第9話 2011年6月16日「最強の殺人者現る」
第10話 2011年6月23日「動き出す陰謀…」
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